انتخاب و مصرف مواد غذایی مناسب می تواند تا حدودی در رفع عوارض جانبی مصرف آنتی بیوتیک ها و همچنین تسریع و روند درمان کمک کننده باشد.

مصرف پروبیوتیک ها و پریبیوتیک ها در حین مصرف آنتی بیوتیک ها و پس از آن به حفظ تعادل جمعیت باکتری در روده کمک می کند. این ترکیب ها برخی از عوارض جانبی آنتی بیوتیک ها از قبیل نفخ و اسهال را کاهش می دهند. پیاز، سیر و موز از جمله خوراکی های حاوی مقدار کمی پریبیوتیک هستند. همچنین افراد برای کاهش اثر آنتی بیوتیک ها روی سطح ویتامین K می توانند از مواد خوراکی چون کلم، اسفناج و سبزی جعفری مصرف کنند. بعلاوه افراد باید از مصرف خوراکی های سرشار از فیبر در حین مصرف آنتی بیوتیک ها خودداری کنند زیرا ممکن است بر چگونگی جذب دارو تاثیر بگذارد. برخی از مواد خوراکی از جمله گریپ فروت در تاثیرگذاری آنتی بیوتیک ها اختلال ایجاد می کنند.