بررسی ها نشان می دهد که نبود یک فرآیند دقیق و شفاف برای تامین مالی طرح های بلندمدت دولت و ایجاد انحراف در طرح های درمانی به خصوص طرح تحول سلامت دو وجه اصلی ایجاد اختلاف میان وزارتخانه بهداشت و سازمان برنامه و بودجه را تشکیل دادند.

مطابق بررسی ها از یکسو باید فرآیندی به وجود آید که منابع پایدار برای طرح های بلندمدت دولت در صورت اجرایی شدن آن به وجود آید و درصورت نبود این منابع، چراغ سبزی برای اجرای آن روشن نشود. از سوی دیگر، نهادهای اجرایی نیز با بهره گیری از تجارب الگوهای موفق، زمینه را برای اجرای کارآتر طرح های بلندمدت فراهم کنند. توجه نکردن به این دو وجه، می تواند بذر اختلاف میان سازمان برنامه با دیگر وزارتخانه ها را در زمین دولت بکارد.