کلیسا های ایران که از دوران قدیم بازمانده اند، فارغ از جلوه زیبای هنر معماری ایرانی، دارای پیام مهمی هستند. آزادی دینی که همواره بخش جدایی ناپذیر سیاست حاکمان قدیم ایران بوده است. کافی است فرمان های صادر شده از سوی شاه طهماسب، شاه عباس، شاه سلیمان، نادرشاه، کریم خان، فتحعلی شاه، ناصرالدین شاه و امیرکبیر و حتی شاه سلطان حسین را بنگرید که چگونه بر آزادی دینی و حق تجارت مسیحیان و به ویژه ارامنه تاکید داشته اند. آن هم در زمانه ای که در اروپای سده شانزدهم کمترین نشانی از آزادی ادیان برای مسلمانان و کلیمیان و حتی فرقه های دیگر مسیحی در کشورهایی چون ایتالیا، اسپانیا، پرتغال و هلند وجود نداشت. تاریخ اروپا در آن سال ها آکنده از سختی ها و کشتار دگراندیشان دینی است. درحالی که آزار و سختگیری نسبت به اقلیت های دینی در ایران آن سال ها اگر هم بوده در قیاس با کشورهای اروپایی بسیارمحدودتر بوده است.

اهمیت تاجران ارمنی را می توان در فرمان پادشاهان درخصوص آنها در موزه کلیسای وانک دید: «از تجار ارمنی حقوق گمرکی اضافه مطالبه نشود.» (فرمان نادر شاه افشار در سال 1154ه. ق)، «به اختلافات بازرگانان ارمنی بدون واسط وکلا رسیدگی شود.» (فرمان شاه سلطان حسین در سال 1119 ه. ق) «خواجه» که با نام برخی از ثروتمندان و تاجران ارمنی چون خواجه نظر، خواجه پطروس و… همراه شده در اصل واژه ای فارسی است که در ادبیات و متون ارمنی راه یافته و با دادن سمت کلانتر آنها را به عرصه سیاست هم وارد کرده است. در عصر صفوی کلانتر یکی از بالاترین مقامات سیاسی بود که چند تن از تجار ارامنه این نام را گرفتند و شاه عباس بزرگ از آنها در مناسبات سیاسی و اقتصادی خود با کشورهای اروپایی استفاده می کرد؛ زیرا این تاجران در سفرها صرفه جویی می کردند و با اروپاییان هم کیش بودند و برخی زبان های اروپایی را به نیکی می دانستند. هیات ها و سفیران هم وقتی به ایران می آمدند در منزل تاجران ارمنی با ظروف و وسایل گران قیمت پذیرایی می شدند.به شهادت مورخان اروپایی ایران عهد صفوی با وجود برخی سیاست های ویژه دینی و مذهبی که ریشه در کشورداری داشت، سیاست بسیار متساهلانه ای در امور دینی در مقایسه با تمامی کشور های اروپایی وحتی عثمانی داشت.