حضور ابوالحسن ابتهاج در سازمان برنامه مصادف با سال پایانی برنامه عمرانی اول بود و جالب آن است که بخش قابل توجهی از اعتبارات این برنامه در همین دوره هزینه شد. او سپس به تدوین برنامه عمرانی دوم به کمک کارشناسان و نخبگان کشور مبادرت ورزید و اجرای آن را تا سال 1337یعنی تقریبا تا نیمه آن بر عهده داشت.

اما خدمت اصلی و مهم و ماندگار ابتهاج طی دوره تصدی اش، تحول در ساختار برنامه ریزی در ایران و استفاده از دانش اقتصاد در برنامه ریزی بود. پس از چندی او توانست با بنیاد فورد برای تامین مالی مشاوران اقتصادی به توافق برسد و اعضای علمی دفتر اقتصادی با نظر پروفسور میسون از دانشگاه هاروارد انتخاب و در سازمان برنامه مشغول به کار شدند. این عده که به گروه مشاوران هاروارد موسوم شدند به همراه اقتصاددانان ایرانی که ابتهاج آنها را گرد آورده بود تدوین برنامه عمرانی سوم را آغاز کردند. ابوالحسن ابتهاج در سال 1340 دستگیر و هفت ماه را در زندان گذرانید. او همچنین بانک ایرانیان را با کمک مالی همسرش دایر و نیز در سال 1353 شرکت بیمه بین المللی ایران-آمریکا را تاسیس کرد. درمجموع، ابتهاج در دوران مدیریتش در بانک ملی ایران و سازمان برنامه، زمینه ساز بروز تحول ساختاری و بنیادی در کشور شد و اوج آن را می توان به رشد اقتصادی بالای 12-10 درصدی طی سال هایی یافت که با همت، پشت کار و تیزبینی این فرد در کنار برخی از همراهانش (به رغم سنگ اندازی های مختلف در مسیر فعالیتش) صورت گرفت. وی طی دهه های 1320 و 1330 با بهره گیری از ارتباط نزدیکی که با شاه و تاثیر فراوانی که بر تصمیم گیری های اقتصادی ایران در دهه های 1320 و 1330 شمسی داشت و در نظامی که فساد سراسر وجود آن را فراگرفته بود، به نوشته مجله معروف نیویورک تایمز در سال 1341ش (1962م)، نماد مبارزه با فساد به شمار می رفت.