پس از گذشت دوره های گوناگون قوه قضائیه، این قوه با چالش های گوناگونی روبه‎رو است که البته ابعاد برخی از آنها بسیار بزرگ تر از آنچه به واقع وجود دارد، نمایانده شده است. شماری از این چالش ها و راهکارهای پیشنهادی برای رفع آنها در ذیل به اختصار بررسی می شود.

1. قوه قضائیه متکفل اموری است که در واقع قضایی نیستند و ماهیت کاملا اجرایی دارند مانند ثبت اسناد و املاک، پزشکی قانونی و امور زندان ها. این امر موجب آن شده است که حیطه فعالیت های قوه قضائیه بسیار گسترش یافته است. به نظر می رسد قوه قضائیه در دوره جدید، با توجه به تجربه قبلی و ضرورت تمرکز بیشتر بر امور قضایی، کاهش بار امور اجرایی خویش را مورد بررسی قرار دهد.