استفاده ازابزارهای بیوانفورماتیکی در مطالعه اگزون شماره 2 ژن GDF9 در بزهای تالی و بیتال

بکارگیری فناوری های مولکولی، منجر به کشف جهش هایی با اثر عمده بر بازدهی تولید مثلی گوسفند و بز شده است. بیشتر این جهش ها در ژن های BMP15، GDF9 و Booroola یافت شده اند. در ژن GDF9، جهش های FecGH و FecTT چنین اثری دارند. با توجه به اهمیت چندقلو زایی در بز، وجود جهش های یاد شده و جهش های نوین در نژادهای بیتال و تالی برای ژن GDF9 بررسی شدند. پس از استخراج DNA از نمونه های خونی، واکنش PCR برای آغازگر GDF9 صورت گرفت و تعداد 5 فرآورده PCR از نژاد بیتال و تالی که دارای رکوردهای زایش گوناگون بودند، تعیین توالی شدند. نتیجه تعیین توالی با نرم افزار Vector NTI و رسم درخت فیلوژنی با نرم افزار MEGA 4 انجام گرفت. با استفاده از سایت تخصصی ps2 ساختارهای سه بعدی پروتئین GDF9 مورد بررسی قرار گرفت. در نژاد تالی تغییر نوکلئوتیدی مشاهده نشد. اما در افراد دارای رکورد زایش بالا در نژاد بیتال، یک جهش هتروزایگوت با جایگزینی اسید آمینه آلانین با والین یافت شد. در پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین، بین پروتئین جهش یافته و بدون جهش تفاوت وجود داشت. با بررسی فراوانی وجود ریشه های اسیدآمینه ویژه در ساختمان دوم مشخص شد آلانین تمایل ذاتی برای ایجاد مارپیچ α و والین تمایل ذاتی برای ایجاد رشته β دارد که سبب تغییر در ساختمان سه بعدی و احتمالا عملکرد پروتئین می شود. بررسی درخت فیلوژنی بین چند گونه مختلف از جانداران نشان داد که توالی پروتئینی GDF9 بز به گوسفند شبیه تر است.