تشخیص سریع موتاسیون در ژن عامل مقاومت به ریفابوتین در سویه های کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به روش Allele Specific PCR

تشخیص مولکولی مقاومت در آنتی بیوتیک های موثر روی سویه های کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس از اهمیت ویژه ای برخوردار است. در این مطالعه طراحی روشی جهت تشخیص سریع موتاسیون های مرتبط به مقاومت در ژن عامل مقاومت به آنتی بیوتیک ریفابوتین مورد بررسی قرار گرفت.
40 سویه کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس شامل 12 سویه مقاوم به ریفابوتین و28سویه حساس به این آنتی بیوتیک مورد استفاده قرار گرفتند که نمونه ها از بانک میکروبی مرکز تحقیقات سل و عفونی کودکان دانشگاه علوم پزشکی اراک اخذ شد. پرایمرهای اختصاصی با کمک نرم افزارهای BLAST، IDT و MEGA طراحی و تصحیح شدند. پرایمرهای طراحی شده جهت واکنش Allele Specific PCR از 3 قابلیت اتصال به نوکلئوتیدهای موتانت در کدون های 516-526-531 ژن rpoB را داشته و قابلیت شناسایی حالت موتانت را داشتند، لذا عدم تشکیل باند در محصول PCR به معنی مقاوم بودن سویه به ریفابوتین بود. قطعه مورد نظر در تعدادی از نمونه ها تعیین ترادف شده و با نتایج به دست آمده مقایسه گردید.
از 12 سویه مقاوم به ریفابوتین مایکوباکتریوم توبرکلوزیس با کمک روش Allele Specific PCR مورد مطالعه،10 سویه به عنوان سویه های موتانت در یکی از 3کدون اصلی تشخیص داده شدند. سویه های حساس نیز فاقد موتاسیون در این کدون ها بودند. حساسیت روش معادل80 درصد با 95% CI:0.55-0.95 و ویژگی آن معادل 100 درصد با 95% CI:0/87-1 محاسبه گردید. نتایج تعیین ترادف (سکوئنس) موید نتایج به دست آمده بود.
نتایج مطالعه حاضر نشان می دهد که Allele Specific PCR روشی ساده و سریع برای تشخیص سریع مقاومت به ریفابوتین در سویه های کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بوده و جهت استفاده روتین پیشنهاد می شود.