بررسی تاثیر pH بر موتاسیون در ژن P53 با استفاده از روش های محاسباتی و مدلسازی

ژن سرکوبگر تومور P53 که به عنوان «محافظ ژنوم» شناخته می شود، در بیشتر از نیمی از تمام انواع سرطان-های انسانی جهش یافته است. پروتئین P53 یک عامل رونویسی است که وظیفه آن کنترل رونویسی از ژن های مسئول آپپتوز و توقف چرخه سلولی است. هم چنین پروتئین P53 می تواند رونویسی از ژن هایی که در پیشرفت چرخه سلولی نقش دارند جلوگیری نماید. بنابراین بدیهی است که از دست دادن فعالیت این ژن با فراوانی بالا در انواع مختلفی از سرطان ها مشاهده شده است. مشاهدات تجربی هم زمانی بین افزایش اسیدیته و نیز جهش در کدون های خاص ژن P53 (به طور خاص کدون 248) را نشان داده اند. این امر می تواند تا حدود زیادی ناشی از پروتونه شدن این توالی سه نوکلئوتیدی باشد. جهش در این کدون خاص باعث جایگزینی اسید آمینه می گردد که نتیجه آن ایجاد پروتئینی با خاصیت انکوژنی میباشد. در این مطالعه تاثیر pH اسیدی را بر پایداری کدون 248 در ژن P53 بررسی گردید.
در این مطالعه از روش مکانیک مولکولی برای پاسخ پرسش این مطالعه استفاده شد. در این مطالعه از نرم-افزار HYPERCHEM استفاده شد. هم چنین به منظور دست یافتن به بهترین پیش بینی از میدان های نیروی AMBER، BIO+، MM+ و OPLS استفاده گردید.
نتایج به دست آمده در میدان های نیروی مختلف همگی نشان دادند که در pHاسیدی سطح انرژی توالی مورد بررسی به میزان زیادی بالاتر از شرایط فیزیولوژیک می باشد.
نتایج این مطالعه پاسخ قابل ملاحظه ای را درباره هدف مطرح شده ارائه نمود و نشانداد کهpH اسیدی می تواند به لحاظ تئوریک ناپایداری مولکول را نسبت به pH فیزیولوژیک افزایش دهد.