پیشگویی مناطق آنتی ژنی در دو توالی پروتئینی ALS1 و HWP1 در جدایه های واژینالی کاندیدا آلبیکنس با تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی

توانایی تشخیص مناطق آنتی ژنی در پروتئین ها از جمله عوامل مهم برای درمان می باشد. هدف از این مطالعه پیشگویی مناطق آنتی ژنی در دو توالی پروتئینی (ALS1 (Agglutinin Like Sequence و (HWP1 (Hyphal Wall Protein Sequences در جدایه های کاندیدا آلبیکنس عامل عفونت واژینالی با تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی می باشد.
در این بررسی 7 جدایه از زنان مبتلا به عفونت واژینال که طی سال های 1390و 1391 از مراکز مختلف پزشکی تهران جدا شده بود انتخاب گردید. استخراج DNA به روش فنل- کلروفرم- ایزوآمیل الکل صورت گرفت. سپس Multiplex PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی انجام شد. به منظور مطالعات بیوانفورماتیکی، ژن ها توالی یابی و ترجمه شدند. سپس مناطق آنتی ژنی دو توالی پروتئینی از طریق برنامه Physico-Chemical Profilesشناسایی شدند.
نتایج حاصل حضور دو ژن als1 و hwp1 در جدایه های مورد مطالعه را نشان داد. در دو توالی پروتئینی ALS1 و HWP1 به ترتیب 2 و 1 منطقه آنتی ژنی تشخیص داده شد.
طبق مطالعات گذشته، فسفریلاسیون سرین و ترئونین یکی از مکانیسم های موثر در آنتی ژنسیته دو پروتئین ALS1 و HWP1 است. نتایج حاصل از این مطالعه تایید نمود که سرین و ترئونین عمده ترین آمینواسیدها در این مناطق با خاصیت آنتی ژنتی بالا می باشند.