بررسی داکینگ مولکولی آنزیم پروتئاز ویروس HIV-1 با ترکیبات تری ترپنوئیدی با منشا گیاهی و قارچی

به دلیل توان بالای عفونت زایی و مقاومت های دارویی گزارش شده در ویروس HIV-1 طی سال های اخیر، پژوهش های زیادی در خصوص کشف و معرفی داروهای ضد ویروس HIV-1 انجام شده است. نتایج بررسی های متعدد نشان داده است که داروها و ترکیبات مهارکننده پروتئاز که سهم عمده ای از آنها را مشتقات گیاهی به ویژه ترپنوئیدها تشکیل می دهند، در کنترل عفونت ناشی از ویروس HIV-1 بسیار موثر می باشند. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار آنزیم پروتئاز HIV-1 به وسیله ی داروهای استاندارد و ترکیبات تری ترپنوئیدی با منشا گیاهی و قارچی می باشد.
این پژوهش به روش توصیفی –تحلیلی انجام گرفت. برای انجام این بررسی بیوانفورماتیکی، ساختار مربوط به داروها، ترکیبات تری ترپنی و آنزیم پروتئاز HIV-1 به ترتیب از پایگاه داده های C hem spider، Pubchem، HMDB و PDBدریافت شد. سپس داکینگ مولکولی به وسیله نرم افزار iGEMDOK2.1 انجام گرفت.
نتایج نشان داد که محل برهم کنش ترکیبات تری ترپنی همانند داروهای استاندارد، سه ناحیه حفاظت شده و کاتالیتیکی دومین مرکزی، فلاپ و دومین انتهای کربوکسیل خصوصا اسید آمینه های Asp25-Gly27-Ala28-ASP29-Asp30 واقع در جایگاه فعال پروتئاز HIV-1 می باشد. هم چنین بررسی برهم کنش های این نواحی نشان داد که استحکام میان کنش های ایجاد شده در این مناطق ارتباط مستقیمی با مقادیر IC50 این ترکیبات دارد.
در پایان با توجه به اثر بخشی بالا و عمل اختصاصی تری ترپنوئیدها می توان نتیجه گرفت که این ترکیبات می توانند به عنوان داروهای موثرضد پروتئاز HIV-1 مطرح شوند.