بررسی EST های گندم در برهمکنش با قارچ بیمارگر Mycosphaerella graminicola

در این مطالعه، 10438 EST که در پایگاه NCBI در رابطه با تعامل گندم و بیمارگر Mycosphaerella graminicola (فرم غیرجنسی Zymoseptoria tritici) ثبت شده بودند، استخراج شدند. پروتئین های غیر تکراری و مرتبط با EST ها در بانک اطلاعاتی NCBI توسط نرم افزار SEQtoolsبه دست آمدند. این پروتئین ها بر اساس نوع، طبقه بندی شده و در 279 گروه قرار گرفتند. سپس در سایتKEGG، مسیر 112 عدد از این پروتئین ها تجزیه و تحلیل و 55 مسیر شناسایی و ارتباط بین این مسیرها و پاسخ های دفاعی گندم مورد بررسی قرار گرفت. در ادامه این مسیرها بر اساس عملکرد گروه-بندی شده و در هشت گروه عملکردی (شامل پروتئین های دفاعی، پروتئین های درگیر در فرایند انرژی سلولی، پروتئین های درگیر در فرایند متابولیسم سلولی، پروتئین های درگیر در فرایند پردازش پروتئین ها، پروتئین های درگیر در فرایند پردازش RNA، پروتئین های درگیر در چرخه های سلولی، پروتئین های درگیر در تخریب پروتئین ها و پروتئین های درگیر در فرایند سیگنال دهی سلولی) قرار گرفتند. مسیرهای متابولیکی تثبیت کربن در فرایند فتوسنتز و پروتئین های درگیر در فرایند دفاعی به ترتیب با دارا بودن 745 و 251 EST، در مرتبه اول و دوم قرار داشتند.. سپس نقش ESTها مخصوصا آن هایی که در مسیرهای دفاعی گیاهی درگیر بودند به صورت موردی مطالعه شدند و عملکرد آن ها در مسیر دفاع گیاه گندم مشخص شد. با استفاده از اطلاعاتی که این بررسی در اختیار قرار می دهد می توان ژن های دیگری که به طور مستقیم و همچنین غیر مستقیم در فعالیت های دفاعی گیاهی شرکت می کنند، مورد بررسی قرار داد.