مطالعه in silico خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز (SSL) در برنج (Oryza sativa)

استریکتوسیدین سینتاز آنزیم کلیدی مسیر بیوسنتزی ایندول آلکالوئیدهای مونوترپنوئیدی است. پروتئین های داری دمین Str_synth در گیاهان، باکتر ی ها، حشرات و پستانداران شناسایی شده اند و به علت نامشخص بودن نقش کارکردی آن ها شبه استریکتوسیدین سینتاز نامیده می شوند. با تکمیل پروژه توالی یابی ژنوم آرابیدوپسیس و برنج، ژن های شبه استریکتوسیدین سینتاز در این گیاهان نیز شناسایی شد. با این حال اطلاعات کافی در مورد ساختار ژن، تاریخچه تکاملی، نحوه گسترش و نقش کارکردی خانواده ژنی SSL برنج وجود ندارد. در این مطالعه بر اساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی 23 ژن SSL در ژنوم برنج شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی پروتئین های SSL برنج و آرابیدوپسیس مشخص کرد که این ژن ها در چهار گروه قرار می گیرند و مسیر تکاملی این خانواده در برنج و آرابیدوپسیس متفاوت است. ژن های OsSSL دارای صفر تا پنج اینترون بوده و در 10 کروموزوم از 12 کروموزوم برنج با تراکم متفاوت قرار داشته و مضاعف شدگی پشت سر هم عامل اصلی گسترش این خانواده ژنی است. آنالیز پیشبر نشان داد که چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنش ها و هورمون ها در ناحیه تنظیمی وجود دارد که نشان دهنده نقش این ژن ها در پاسخ به تنش ها می-باشد. آنالیز بیان ژن های OsSSL بر اساس داده های ریزآرایه نشان داد که تعداد اندکی از این ژن ها در بافت ها و نیز تنش های غیر زیستی بیان بالایی دارند. این مطالعه اولین گزارش در مورد خانواده ژنی SSL در برنج بوده و می تواند یک چهارچوب برای بررسی کارکردهای بیولوژیکی ژن های SSL در برنج و گیاهان دیگر فراهم می کند.