مطالعه بیوانفورماتیکی ساختار ساقه حلقه و کلون نمودن سازه لازم جهت بیش بیان آن

ERBB2 عضوی از خانواده گیرنده های فاکتور رشد اپیدرمی بوده و بر روی بازوی بلند کروموزوم 17 قرار گرفته است. این گیرنده می تواند باعث فعال شدن مسیرهای پیام رسانی شده و در نهایت تکثیر سلولی را افزایش و از آپوپتوز جلوگیری کند. miRNAها RNAهای غیرکدکننده تک رشته ای کوچکی هستند که به عنوان تنظیم کننده های بیان ژن در سطح پس از رونویسی عمل می کنند. miRNA ها فرآیند های مهم سلولی مانند تکثیر، تمایز، آپوپتوز و تومورزایی را کنترل می کنند. ناحیه ژنومی miRNA ها نشان می دهد که آن ها در نواحی کروموزومی حساس و مرتبط با سرطان قرار گرفته اند. هدف از این تحقیق انجام مطالعات اولیه بیوانفورماتیکی جهت شناسایی miRNA جدید در ژن مهم ERBB2 و ساختن سازه لازم جهت بیش بیان ناحیه مورد نظر است.

در تحقیق حاضر ابتدا با نرم افزارهای مختلف توانایی ایجاد ساختار ساقه حلقه، محل برش آنزیم های Dicer و Drosha و حفاظت شدگی ناحیه مورد نظر بررسی گردید. سپس ناحیه اطراف ساختار ساقه حلقه کاندید در حامل بیانی pEGFPC1 کلون گردید.

بررسی با نرم افزار های مختلف نشان داد که از این توالی و ساختار miRNA بالغ، با احتمال بالا می تواند پردازش گردد. جهت ادامه مطالعات سازه مورد نیاز در حامل بیانی pEGFPC1 با موفقیت کلون گردید.

نتایج مبنی بر تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیکی نشان دهنده امکان تولید miRNA جدید از این ساختار ساقه حلقه می باشد.