شناسایی بیوانفورماتیکی microRNA های با توان بیومارکری در سرطان روده بزرگ از روی داده های ریز آرایه
سرطان روده بزرگ یک بیماری شایع در جهان میباشد که باعث مرگ و میر بالایی در افراد مبتلا میشود. نبود مارکر مناسب تشخیصی و پیش آگهی باعث عدم شناسایی بدخیمیهای سرطان کولون در زمان مناسب شده است. ژنهای microRNA با کنترل بیان ژنهای هدف در بروز و پیشروی سرطان کولون نقش مهمی را ایفا میکنند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی بیوانفورماتیکی microRNA های احتمالی موثر با بیان متمایز در نمونه های سرطانی و غیرسرطانی کولون بود.
این مطالعه از نوع تیوریکال بیوانفورماتیکی بوده و داده های ریزآرایه مربوط به 1513 نمونه سرطان روده با شماره دستیابی GSE115513 از سایت GEO انتخاب شد و با استفاده از برنامه R، ژنهای مارکر انتخاب گردید. ژنهای هدف microRNA های شناسایی شده با برنامه TARGETSCAN مشخص شدند و در نهایت، شبکه گرافیکی با برنامه Cytoscape رسم گردید.
یافته ها:
آنالیز داده های ریزآرایه نشان داد که has- miR-663b، has-miR-650، has- miR-17-5p، has-miR-4539 و has-miR-501-3p دارای توان بیومارکری در نمونه های سرطانی میباشند. آنالیز آماری و بررسی ژنهای هدف این microRNA نشان داد که ژنهای has-miR-663b (p=0.001 و ROCAUC=0.8965) و has-miR-650 (p=0.001 و ROCAUC=0.9104) دارای بیان متمایز معنی دار بین نمونه های سرطانی و حاشیه غیرتوموری بوده و توان بیومارکری دارند.
ژنهای has- miR-663b و has-miR-650 میتوانند به عنوان مارکر تشخیصی برای تفکیک نمونه های سرطانی روده بزرگ از نمونه های غیرسرطانی بکار گرفته شوند.
- حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران میشود.
- پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانههای چاپی و دیجیتال را به کاربر نمیدهد.