شناسایی و تایید miRNAهای جدید مشترک در گندم نان و گونه های مختلف اجیلوپس با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی و Real time PCR

گندم نان یکی از غلات مهم است که به طور وسیع در جهان کشت می شود. miRNA ها یک نوع از RNA های کوچک تنظیمی هستند که حدود 18-22 نوکلیوتیدی بوده و می توانند به عنوان یک ابزار اصلاحی جدید در بهبود ژنتیکی گیاهان عمل کنند. با توجه به اینکه بسیاری از miRNA ها از نظر تکاملی در بین قلمرو گیاهان و جانوران محافظت شده هستند، استفاده از ژنومیکس مقایسه ای و روش های محاسباتی برای شناسایی miRNA ها، بسیار مورد توجه است. در این مطالعه شناسایی miRNA بالقوه جدید در گندم نان مورد نظر بود و از یک روش جستجوی مبتنی بر تشابه روی EST برای اینکار استفاده شد. بدین منظور miRNA های شناخته شده گیاهی به عنوان مرجع در برابر EST های گندم قرار گرفته و BLASTn انجام شد. سپس توالی های کد کننده پروتئین توسط BLASTx شناسایی و حذف شدند. در مرحله بعد ساختار ثانویه مورد بررسی قرار گرفت و سپس miRNA های کاندید در پایگاه اطلاعاتی Rfam بررسی شدند. در نهایت سه miRNA جدید با استفاده از این روش شناسایی شد که از نظر توالی، مشابه miRNA های شناخته شده در اجیلوپس تایوشی بودند. به منظور  تایید وجود آنها در گندم و گونه های اجیلوپس حاوی ژنوم D شامل تایوشی، سیلندریکا و کراسا، از Real time PCR استفاده شد و در نهایت وجود توالی myseq2 در ساقه گیاهان مورد مطالعه تایید شد. شناسایی ژن های miRNA تایید شده نشان داد که بیشتراین ژن ها مانند RGA، PIK و NB-ARC روی مقاومت به بیماری های مختلف تاثیر داشته و برخی نیز در مقاومت به تنش های غیر زیستی از جمله تنش خشکی و شوری نقش داشتند. نتیجه تحقیق تایید کرد که روش های محاسباتی ابزار مناسبی برای پیش بینی miRNA های کاندید می تواند باشد که سبب صرفه جویی در وقت و هزینه شناسایی miRNA ها می شود.