طراحی بیوانفورماتیکی و همسانه سازی ژن rT1 چای ترش برای ساخت وکتور نوترکیب pBI121-rT1 به منظور بیان در گیاهان

بیماری های تنفسی و التهاب ریوی از شایع ترین بیماری هایی است که بیش از 50 درصد مردم جهان را درگیر می کند. تاکنون داروهای مختلفی در زمینه پیشگیری و درمان این بیماری ها توسعه یافته است. پپتید rT1، متعلق به گیاه دارویی چای ترش با طول 27 اسیدآمینه دارای خاصیت مهارکنندگی نوتروفیل الاستاز انسانی و پتانسیل بالقوه دارویی در زمینه پیشگیری و درمان بیماری های التهابی ریه است. باتوجه به ارزش اقتصادی بالای ترکیبات با خاصیت مهارکنندگی نوتروفیل الاستاز، در این پژوهش برای اولین بار با هدف بیان این پپتید در گیاهان، همسانه سازی و ساخت وکتور بیانی نوترکیب pBI121-rT1 انجام شد. باتوجه به نبودن توالی ژنی این پپتید در پایگاه های داده، ابتدا توالی ژنی مناسب آن براساس ترجیح کدونی گیاه توتون، وکتورهای بکار برده شده در پژوهش، ساختار و پایداری رونوشت حاصل از آن و خصوصیات پروتیین تولید شده از آن طراحی و سنتز شد. شاخص سازگاری کدونی برای توالی طراحی شده برابر با 92/0 و فراوانی GC 32/42 درصد محاسبه شد. پایداری پپتید طراحی شده در سلول های انسانی نسبت به پپتید اصلی 25 برابر افزایش یافت و شاخص ناپایداری برای پپتید طراحی شده برابر 90/20 محاسبه شد. به منظور همسانه سازی، توالی سنتز شده به وسیله واکنش PCR تکثیر و در وکتور pMCS5 همسانه سازی شد. سپس با هدف بیان این پپتید در گیاهان، زیرهمسانه سازی توالی طراحی شده، در وکتور بیانی pBI121 تحت پروموترCaMV 35S  انجام شد.