شناسایی ژن های دخیل در استقرار رابطه انگلی در گل جالیز مصری بر پایه تجزیه و تحلیل داده های بیان ژن

گل جالیز گیاه انگلی است که باعث کاهش قابل توجهی در تولید محصولات زراعی می شود و کنترل آن نیز در شرایط مزرعه دشوار است. در این مطالعه تجزیه وتحلیل داده های RNA-seq موجود در NCBI، همراه با تایید آزمایشگاهی بخشی از نتایج حاصل گزارش می شود. پس از ارزیابی کیفیت خوانش های خام آلومینا، خوانش های با کیفیت قابل قبول روی ترنسکرپتوم گل جالیز نقشه یابی شدند. پس از آنالیز بیان ژن با استفاده از نرم افزار DESeq، 391 ژن دارای بیان متفاوت در مرحله آبنوشی بذر گل جالیز و مرحل اتصال گل جالیز به ریشه میزبان شناسایی شد. بیان اورتولوگ این ژن ها در خویشاوندان نزدیک گل جالیز، که غیر انگل یا نیمه انگل هستند، نیز بررسی شد. از بین 391 ژنی که بین مرحله آبنوشی و اتصال به میزبان در گل جالیز تفاوت بیان معنی داری داشتند، 87 ژن در خویشاوند انگل گل جالیز نیز بیان بالایی در زمان اتصال به میزبان داشتند، در حالی که این ژن ها در خویشاوند غیر انگل بیان نمی شدند. بر این اساس این 87 ژن به عنوان ژن های کاندید دخیل در استقرار رابطه انگلی با میزبان در نظر گرفته شدند. در ادامه الگوی بیان نه ژن از این ژن های کاندید انتخابی در بافت رویشی، گل، و بافت محل اتصال گل جالیز به گوجه فرنگی بررسی شد. نتایج نشان داد که ژن کدکننده سرین کربوکسی پپتیداز الگوی بیان مورد انتظار برای ژن های دخیل در ایجاد رابطه انگلی را دارد به نحوی که تنها در بافت محل اتصال به میزبان بیان می شود. نتایج این مطالعه می تواند برای اهداف مهندسی ژنتیک گوجه فرنگی برای ایجاد مقاومت به گل جالیز از طریق خاموشی ژن در میزبان مورد استفاده قرار گیرد.