ارزیابی تکاملی هاپلوتایپ های ژنتیکی غالب ویروس SARS-CoV-2 در ایران در بازه زمانی خرداد تا آبان 1399

مطالعات اولیه تغییرات نوکلیوتیدی درتوالی های ژنومی ویروس، منجر به شناسایی 13 گروه هاپلوتایپی شده است. از بین این هاپلوتایپ ها موارد H1، H2 و H5 بیشترین فراوانی را در دنیا نشان داده اند. بنابراین تغییرات برچسب تک نوکلیوتیدی، در این هاپلوتایپ ها با استفاده از روش PCR در جمعیت ایرانی ارزیابی شد.

 نمونه های RNA این مطالعه مقطعی از افرادی که در بازه زمانی خرداد تا آبان سال 1399 به یکی از آزمایشگاه های تشخیصی ناجا در شهر تهران مراجعه کرده بودند و ابتلای آنها به COVID-19 به وسیله تست PCR تایید شده بود، گرفته شد. 300 نمونه به روش تصادفی انتخاب شدند. به منظور شناسایی و تعیین فراوانی تغییرات برچسب تک نوکلیوتیدی موجود در هاپلوتایپ های H1،H2 و H5 تمام نمونه ها با استفاده از رویکرد ARMS-PCR ارزیابی شدند. جهت کسب اطمینان از صحت نتایج ARMS-PCR تعدادی از نمونه ها به روش Sanger، توالی یابی شدند.

 تعیین ژنوتیپ نمونه های ژنومی نشان داد، 122 نمونه دارای جهش شاخص گروه هاپلوتایپی H5 (28688T>C) و 158 نمونه دارای جهش شاخص گروه هاپلوتایپی H1 (14408C>T) بودند. همچنین مشاهده شد که 11 نمونه همزمان با دو هاپلوتایپ ویروسی متفاوت آلوده شده بودند. به علاوه در نمونه های مورد بررسی گروه هاپلوتایپی H2 مشاهده نشد.

 ارزیابی ها حکایت از آن دارد که جمعیت غالب ویروس های آلوده کننده افراد ایرانی در اوایل همه گیری دارای هاپلوتایپ H5 بودند. به دنبال گسترش قابل توجه گروه هاپلوتایپی H1 در سطح جهان و با گذشت زمان، این گروه به عنوان هاپلوتایپ غالب جایگزین H5 گردید. توالی های از نوع H1 واجد تغییرات مهمی در دو ژن RdRp و S بودند که به ترتیب در تکثیر ژنوم ویروس و اتصال به سلول میزبان نقش داشتند.