ساختار و بیان ژن NFX در مراحل رشدی در گونه های جو، ذرت و گندم

پروتیین های NFXL1 و NFXL2 دارای موتیف های انگشت روی شامل (موتیف اتصال DNA و انگشت (PHD هستند که به طور بالقوه برهم کنش پروتیین را واسطه گری می کنند. ژن های NF-X نقش مهمی در پاسخ به سیگنالینگ دفاعی با استفاده از هورمون های گیاهی دارد.

در این مطالعه، 12 ژن NF-X در جو، ذرت و گندم انتخاب شدند. ساختار ژن، الگوهای دوبرابرشدگی و درخت فیلوژنتیک برای 12 فاکتور رونویسی NF-X در سه گونه مورد آنالیز قرار گرفت. همچنین، تجزیه و تحلیل مقایسه ای برای شناسایی ارتولوگ ها و پارالوگ های NF-X در ژنوم ذرت، جو و گندم انجام شد.

درخت فیلوژنتیک NF-X از جو و ذرت و گندم به  دو گروه تقسیم بندی شدند. آنالیز ساختاز ژنی نشان داد که تعداد اگزون ژن های NF-X بین 1 تا 13متغیر است. آنالیز سینتنی ژن های NF-X جو، ذرت و گندم نشان داد که شباهت TaNFXL1.2 با  HvNFXL1و HvNFXL2  باTaNFXL1.3 ، TaNFXL2،TaNFXL2.1  و ZmNFXL1  با ZmNFXL1.1   بیش از 90٪ می باشد. آنالیز ژن های NF-X  نشان داد که دوبرابرشدگی تاندوم و دوبرابرشدگی سگمنتال نقش مهمی در گسترش ژنوم جو و ذرت و گندم دارد. با این حال، تعداد دوبرابرشدگی تاندوم و سگمنتال، نشان داد که این عوامل از عوامل اصلی در تکامل ژن های NF-X هستند. این اولین مطالعه برای مقایسه ژن های NF-X در سه گونه گیاهی است،. پیش بینی عناصر تنظیمی نشان داد کهNF-YC ،NF-YB ،NF-YA ، bHLH ، myb / SANT ، WRKY ، Dof  و Trihelix  بالاترین فراوانی را در ناحیه آغازگر ژن های NF-X داشتند. ژن های HvNF-X2 و ZmNF-X2 و TaNF-X2 بالاترین تعداد سیس المنت ها را به خود اختصاص دادند. آنالیز بیان ژن های NF-X نشان داد که این ژن ها تقریبا در تمامی مراحل رشدی افزایش بیان نشان دادند.

یافته های ما می تواند به عنوان منبع مفیدی برای مطالعات آینده ژن های NF-X در مطالعات مقایسه ای بین گونه های مختلف گیاهی در نظر گرفته شود. هدف از این مطالعه، شناسایی و توصیف ژن های NF-X در سه گونه از طریق روش تجزیه و تحلیل ژنوم بود. ژن هایHvNFX1 ،  HvNF-X2 و ZmNFXL1.1  بیان ژن را در تمام مراحل رشدی نشان دادند. ساختار ژن در اکثر پروتیین های هر گروه مشابه بود که با طبقه بندی فیلوژنتیک ژن های NF-X مطابق بود.