انگشت نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری های هتروسیت دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم های به شدت تکراری به عنوان مارکرهای مولکولی

هدف از این مطالعه، یافتن روابط فیلوژنتیک سیانوباکتری ها براساس ژن های 16S rRNA و ITS و توالی های پالیندرومی HIP، ERIC و STRR بوده است. به این منظور، نمونه برداری از پنج چشمه از قنات های کم عمق روستاهای گنبدکاووس (استان گلستان) انجام شد و در محیط کشت Z8 خالص سازی گردید. پس از استخراج DNA، ژن های 16S rRNA و ITS تکثیر و توالی یابی شدند. درخت فیلوژنتیک با استفاده از روش Likelihood Maximum و مدل مناسب به کمک وب سرور برخط Iqtree server ساخته شد. ساختار ثانویه ITS، در بخش های مختلف مارپیچ D1-D1′، D2، D3، tRNAIle، tRNAAla، BOX B، BOX A و V3 به کمک برنامه Mfold رسم شد. سپس، آنالیز فیلوژنتیک انگشت نگاری ها به کمک حضور و عدم حضور باندهای مجزا و قابل تکثیر در هر الگوی انگشت نگاری DNA تولید شده با پروفایل های PCR HIP، ERIC و STRR، به اطلاعات دوتایی تبدیل برای ساختن دندروگرام مرکب، استفاده شد. نتایج نشان داد که سویه های مورد بررسی متعلق به چهار تیره به اسامی Aphanizomenonaceae، Nostocaceae، Hapalosiphonaceae و Calotrichaceae از زیربخش راسته Nostocales بودند. نتایج کلاسترهای دندروگرام های رسم شده حاصل از تکثیر توالی های پالیندرومی تاییدکننده کلاستربندی های درخت های فیلوژنتیکی بود. به هر حال، نتایج حاصل از بخش های متغیر در بخش های D1-D1′ و Box-B ژن ITS، ساختارهای ثانویه منحصر به فردی یافت گردید که الگوی مشابهی با سویه های نزدیک به خود را نداشتند. نتایج کلی نشان داد که داده های حاصل از انگشت نگاری های ژنومیک، آنالیزهای درون رایانه ای و فیلوژنتیکی، برای تمایز سویه های نزدیک به هم سیانوباکتری ها بسیار مفید می باشند.