ارزیابی اثرات داکینگ و دینامیکی مولکولی ترکیبات Abemaciclib،Hymenialdisine و Indirubinبر CDK-2 با مطالعه شبیه سازی

کیناز وابسته به سیکلین‌2‌‌ (CDK-2) یک سرین/تریونین پروتیین کیناز با فعالیت تنظیمی در چرخه سلولی است. مهارکننده‌های این پروتیین با توقف چرخه سلولی راهکارهای انتخابی برای درمان انواع سرطان ها هستند. در این مطالعه شبیه سازی شده، اثرات داکینگ ودینامیک مولکولی Abemaciclib،Hymenialdisine وIndirubin بر CDK-2 به عنوان یکی از مهمترین فاکتورهای موثر در چرخه سلولی مورد بررسی قرار گرفته است.

روش‌ کار: 

فایل PDB پروتیین CDK-2و ساختار سه بعدیAbemaciclib ،Hymenialdisine و Indirubin به ترتیب از بانک اطلاعات پروتیین (http://www.rcsb.org) و سرور pubchem به دست آمدند. پس از شبیه سازی CDK-2 در نرم‌افزار Gromacs، داکینگ مولکولی ترکیبات بر روی CDK-2 توسط نرم افزار AutoDock 4.2 انجام شد. در نهایت مهمترین فاکتورهای دینامیک مولکولی مانند RMSD، شعاع چرخشی و انرژی کل در حالت قبل از داکینگ در مقایسه با این فاکتورها در مرحله بعد از داکینگ مورد آنالیز قرار گرفتند.

Abemaciclib با آزادسازی انرژی اتصال معادل kcal/mol 8/23- بیشترین تمایل برای اتصال به اسیدهای آمینه موجود در جایگاه اتصال CDK-2 دارد. در عین حال اتصالAbemaciclib ،Hymenialdisine وIndirubin به CDK-2، منجر به کاهش معنادار در برخی فاکتورهای دینامیک مولکولی مانند میانگین انرژی کل، شعاع چرخشی، RMSD و همچنین ایجاد تغییر در ساختار ثانویه CDK-2 شدند.

نتیجه‌گیری:

Abemaciclib ،Hymenialdisine و Indirubin تمایل بالایی برای برهمکنش با CDK-2 دارند. بر اساس نتایج شبیه‌سازی‌ دینامیک مولکولی، ساختار ثانویه CDK-2 پس از اتصال هر لیگاند به آن تغییر می‌کند و مجموعه لیگاند و پروتیین را پایدارتر می‌کند.