مطالعه پویش کل ژنوم برپایه آنالیز مسیر مرتبط با صفات رشد در گوسفند

پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس آنالیز غنی سازی مجموعه های ژنی برای شناسایی جایگاه های ژنی موثر بر صفات رشد با استفاده از آرایه های ژنومی 50K بوده است. بدین منظور از اطلاعات رکورد های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با اوزان تولد (BW)، شیرگیری (WW)، شش ماهگی (6MW) و دوازده ماهگی (12MW) 240 راس از گوسفند نژاد هوی استفاده شد. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات رشد در برنامه TASSEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R ژن های معنی داری که در داخل و یا 15 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن های کاندیدا از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. با تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی، مسیرهای زیستی و)ژن های کاندیدای) Regulation of skeletal muscle cell proliferation  وActin filament polymerization  (IGFBP4 و MYOD1) مرتبط با صفت BW، Regulation of anatomical structure morphogenesis،regulation of muscle system process  و cell junction (BMP2، THBS1 و MYH10)،Regulation of skeletal muscle tissue development با صفت WW  و Regulation of anatomical structure size (FGF2، ANGPTL4، TGFBR3 و ACTR3)  با صفت 6MW و Anatomical structure morphogenesis، Positive regulation of ossification و Cellular response to growth factor stimulus (MMP7، ACTA2، EGR1 و MYBPC3) با صفت 12MW شناسایی شدند. مسیرهای شناسایی شده عملکرد های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسکلتی، متابولیسم گلوکز، فرآیند استخوان سازی، اندازه بدن، ترکیب عضله و تنظیم یون کلسیم بر عهده داشتند. ژن های کاندیدای گزارش شده در این پژوهش می توانند درک روشنی از پایه مولکولی مربوط به صفات رشد در گوسفند را ایجاد کنند. نتایج حاصل از این پژوهش می تواند دیدگاه جدیدی در رابطه با معماری ژنتیکی صفات رشد در برنامه های اصلاح نژادی گوسفند ایجاد کند.