ردیابی و واکاوی ناهنجاری در ترادف ژنهای آر ان ای ریبوزومی S16 استرینهای فیتوپلاسمایی

تعیین خصوصیات و مشخصات فیتوپلاسماها در درجه اول براساس واکاوی ترادف ژن حفاظت شده آر ان ای ریبوزومی 16S (16S rRNA) انجام می گیرد. حتی تغییرات اندک در ترادف این ژن می تواند نشان دهنده رخدادهای تکاملی بسیار طولانی مدت باشد که همراه با آن خصوصیات اکولوژیکی در جمعیت باکتری ها نیز تغییر یافته است. وجود هر گونه خطا و ناهنجاری در ترادف ژن های 16S rRNA باعث بروز خطاهای بارز در تحلی لهای بعدی از جمله مطالعات تبازرایی و تاکسونومی خواهد شد. در این مطالعه با ابزارهای بیوانفورماتیک ناهنجاری های معمول از جمله خطا در تعیین ترادف و یا تشکیل کایمر در ترادف ژن 16S rRNA مربوط به فیتوپلاسماهای نماینده از بیش از 170 زیرگروه در 40 گروه آر ان ای ریبوزومی 16S بررسی شد. نتایج امکان وجود چنین ناهنجاری هایی را در هشت استرین فیتوپلاسمایی تایید کرد. اغلب این استرین ها در درخت تبارزایی روی شاخه هایی که بطور غیر معمول طویل بودند قرار گرفتند. از بین استرین هایی که وجود ناهنجاری در ژن 16S rRNA آن ها ردیابی شد می توان به استرین های مرجع مربوط به ‘Candidatus Phytoplasma wodyetiae’، ‘Candidatus Phytoplasma allocasuarinae’ و ‘Candidatus Phytoplasma lycopersici’ و نیز استرین های نماینده گروه های ریبوزومی 16SrXXVI و 16SrXXVII اشاره کرد. نتایج این مطالعه همچنین پیشنهاد کرد که ناهنجاریهای مربوط به این ژن در فیتوپلاسماها احتمالا محدود به هشت استرین مشخص شده در این مطالعه نیست.