شناسایی مولکولی و مطالعه فیلوژنتیک بر اساس ژن همجوشی ویروس بیماری نیوکاسل (NDV) جدا شده از مرغداری های گوشتی استان مرکزی، ایران

بیماری نیوکاسل (ND) یک بیماری ویروسی مهم اقتصادی و بسیار قابل سرایت است که طیف گسترده ای از گونه های پرندگان را تحت تاثیر قرار می دهد. بیماری نیوکاسل در ایران بومی است و علیرغم تلاش های فراوان واکسیناسیون در صنعت طیور، شیوع بیماری ND به طور غیرمنتظره ای رخ می دهد. این تحقیق با هدف جداسازی ویروس نیوکاسل از مرغداری های دارای مشکلات تنفسی در استان مرکزی و بررسی رابطه تکاملی و ویژگی های مولکولی جدایه ها طی سال های 1396-1398 انجام شد. برای این منظور از 42 مزرعه جوجه های گوشتی که علایم تنفسی داشتند، نمونه های بافتی (ریه، مغز، نای) گرفته شد. نمونه ها به تخم مرغ های SPF جنین دار 9-11 روزه تلقیح شدند و ویروس در 20 مزرعه (47.6%) از 42 مزرعه جدا شد. پس از آن، RT-PCR برای تکثیر توالی بخشی از ژن F جدایه های جدید استفاده شد. محصولات PCR توالی یابی شدند و از نظر فیلوژنتیکی با مجموعه داده های آزمایشی استاندارد (125 توالی انتخاب شده) تهیه شده توسط کنسرسیوم NDV مقایسه شدند. همانطور که توسط تجزیه فیلوژنتیک مشخص شد، هر 9 جدایه متعلق به زیر ژنوتیپ VII.1.1 ژنوتیپ VII بوده و شباهت زیادی به جدایه های ایران و چین داشتند. همه جدایه ها دارای یک موتیف پلی بازی (112 RRQKRF117) در محل برش بودند که مشخصه سویه های بدخیم است. علاوه بر این، مطالعات هم ترازی نشان داد که جدایه های حاضر شباهت نوکلیوتیدی بالایی (96%) با ویروس هایی که قبلا از سایر استان های ایران جدا شده بودند دارند. همچنین آنها درجه بالایی از تشابه توالی را با یکدیگر داشتند اما شباهت کمتری به سویه های واکسن نیوکاسل موجود داشتند. بنابراین، تفاوت ژنتیکی بین سویه های واکسن فعلی و ویروس های نیوکاسل در گردش باید در برنامه های واکسیناسیون در نظر گرفته شود.