شناسایی و تجزیه و تحلیل ‏miRNAs‏ در گونه های مختلف آویشن ‏

امروزه گیاهان دارویی به دلیل دارا بودن متابولیت های موثر، در درمان بسیاری از بیماری ها مورد توجه و استفاده همگان قرار گرفته اند. یکی از این گیاهان آویشن است که حاوی گستره وسیعی از متابولیت های ثانویه مانند ترپن ها می باشد. روش های مختلفی برای افزایش این مواد ابداع شده است. در روش های کلاسیک از تغییر عوامل محیطی جهت افزایش تولید ماده موثره استفاده می گردد. در حالی که در روش های نوین از دست ورزی های ژنتیکی که بازده بالاتری نیز دارند بهره گرفته می شود. از جمله این رویکرد ها استفاده از نقش و عملکرد miRNAs می باشد. این RNAs بیان ژن را پس از رونویسی از طریق تجزیه mRNAs یا مهار ترجمه آن ها کنترل کرده و نقش های متنوعی را در فرآیندهای بیولوژیکی و متابولیکی در گیاهان و جانوران بازی می کنند. روش های متعددی برای شناسایی miRNAs موجود می باشد که یکی از ساده ترین و کم هزینه ترین آن ها، استفاده از ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی است. لذا به منظور شناسایی miRNAs متمایز در گونه های مختلف آویشن، مطالعه ای مبتنی بر جستجوی همولوژی با استفاده از اطلاعات ترانسکریپتومی گیاه آویشن انجام گرفت. ابتدا این اطلاعات پالایش و سپس همردیفی در برابر تمام miRNAs شناخته شده موجود در بانک اطلاعاتی miRBase انجام شد. بعد از غربالگری نتایج بر اساس شاخص هایی همچون طول و سطح e-value ساختار ثانویه miRNAs با ابزار UNAfold مورد بررسی قرار گرفت. شناسایی ژن های هدف با استفاده از ابزار psRNATARGET و بررسی روابط فیلوژنتیکی به روش حداکثر احتمال و ابزار RaxML انجام شد. در مجموع 64 miRNAs کاندید متمایز در گونه های مختلف آویشن شناسایی شدند که از این تعداد 14 عدد در مسیر سنتز ترپن ها قرار داشتند. از مهم ترین این miRNAs می توان به miR172 و miR396 اشاره کرد که در مطالعات پیشین نقش آن ها در مسیر سنتز ترپنوییدها به اثبات رسیده است. درخت فیلوژنتیک توانست ارتباط میان miRNAs در گونه های مختلف را به خوبی نشان دهد.