پویش ژنومی نشانه های انتخاب واگرا بین نژاد های اسب ترکمن و تروبرد

هدف :

انتخاب طی سالیان متمادی موجب بروز تغییراتی در سطح ژنوم می شود که این ردپا ها با بکارگیری روش‏های مولکولی نسل جدید قابل شناسایی می باشند. این مطالعه با هدف پویش کل ژنوم برای شناسایی مناطقی از ژنوم در اسب های تروبرد و ترکمن که هدف انتخاب های طبیعی یا مصنوعی قرار گرفته اند، انجام شد.

استخراج DNA از نمونه های خون با استفاده از روش بهینه نمکی انجام شد. کیفیت و کمیت DNA استخراج شده ی تمام نمونه ها توسط دستگاه نانودراپ با نسبت جذبی روی محلولDNA تعیین شد. تعداد 44 راس اسب نژاد تروبرد و تعداد 67 راس اسب نژاد ترکمن بوسیله آرایه های ژنومی60k SNP Chips تعیین ژنوتایپ و با استفاده از دو روش کلی تمایز جمعیتی و روش های عدم تعادل پیوستگی، نشانه های انتخاب در سطح ژنوم پیگیری شدند. جهت شناسایی ساختار ژنتیکی جمعیتی حیوانات و نژادهای مورد مطالعه و شناسرایی نمونه هایی که خارج از گروه نژادی خود قرار گرفتند، آنالیز مولفه های اصلی در محیط برنامه R صورت گرفت.

بررسی تمایز جمعیتی با استفاده از روش شاخص تثبیت (Fst) تصحیح شده برای اندازه نمونه (θ) نشان داد که در چندین مکان ژنی شواهدی از انتخاب در این دو نژاد وجود دارد. نشانه های انتخاب در پنج ناحیه ژنومی شناسایی شد. این نواحی بر روی کروموزوم های شماره ی 4، 5، 10، 13و 15 قرار داشتند. به منظور ارزیابی نشانه های انتخاب بر پایه روش های عدم تعادل پیوستگی از آزمون هموزیگوسیتی هاپلوتایپی بسط داده شده، استفاده شد. نتایج این آزمون، وجود تفرق جمعیتی در این مناطق ژنومی را تایید کرد. در نهایت بررسی QTL ها در مناطق اورتولوگوس گاوی نشان داد که این مناطق با صفات طول بدن، وزن بدن، عمق سینه و دیگر صفات مهم اقتصادی در اسب ارتباط دارند.

تحقیق حاضر در شناسایی مناطقی از ژنوم دو نژاد اسب ترکمن و تروبرد که به صورت واگرا تحت انتخاب قرار گرفته اند و شناسایی ژن هایی که در این مناطق وجود دارند موثر بود. همچنین، اطلاعات مفیدی از وجود تنوع ژنتیکی و نشانه-های انتخاب بین این دو نژاد اسب حاصل شد.