ژنومی برای شناسایی تنوع تعداد کپی در اسب های کاسپین و ترکمن با استفاده از آرایه چند شکلی تک نوکلئوتیدی با تراکم بالا

زمینه مطالعاتی:

 تنوع تعداد کپی (CNV) همراه با چند شکلی های تک نوکلئوتیدی(SNPs) ، نقش کلیدی در تنوع ژنتیکی در گونه های اهلی ایفا می کنند. با این وجود در مورد تنوع تعداد کپی در اسب ایرانی اطلاعات کمی موجود است.

در این مطالعه، شناسایی CNV ها و نواحی مرتبط به تنوع تعداد کپی (CNVR) های موجود در ژنوم اسب های کاسپین و ترکمن بر اساس داده های SNP آرایه اسب (Equine70k) انجام شد.

در مجموع تعداد 202 و 105 به ترتیب CNV و CNVRs در اسب های مورد مطالعه شناسایی شدند که 08/1 درصد ژنوم اسب را پوشش می دهند. تنوع تعداد کپی در نژاد اسب کاسپین نسبت به نژاد اسب ترکمن 6/1 برابر بیشتر بود. همچنین متوسط طول تنوع تعداد کپی در نژاد کاسپین بزرگتر از نژاد ترکمن بود. در هر دو نژاد تعداد رخداد ژنتیکی اضافه نسبت به رخداد ژنتیکی حذف بیشتر بود. در اسب های نژاد کاسپین کروموزم های شماره یک، سه و دوازده و در اسب های نژاد ترکمن کروموزوم شماره یک، شش و دوازده به ترتیب بیشترین تغییر در تعداد کپی را نشان دادند. آنالیز عملکردی نشان داد که نواحی CNVR های شناسایی شده با 434 ژن همپوشانی داشتند که بیشتر این ژن ها در بین نمونه های اسب دو نژاد مشترک بودند(بیش از 60 درصد). همچنین آنالیز KEGG چندین مسیر بیولوژیکی از جمله حس بویایی، محرک شیمیایی، پردازش آنتی ژن و مسیر سیگنال دهی پروتئین G را نشان داد.

نتیجه گیری نهایی:

 این اولین گزارش CNV در اسب های های ترکمن و کاسپین است و یافته های این تحقیق می توانند اطلاعات ارزشمندی را برای درک بهتر ژنوم اسب و هم چنین ارتباط صفات مهم عملکردی با CNVR ها و ژن های همراه آن ها در مطالعات آتی در نژادهای اسب را فراهم نمایند.