تشخیص مولکولی کوکسیلا بورنتی در شیر بر اساس ژن های پلاسمید و ترانسپوزون

  تمامی جدایه های کوکسیلا بورنتی دارای یکی از چهار پلاسمید بزرگ، حفاظت شده، تکثیرشونده مستقل یا یک توالی کروموزومی یکپارچه پلاسمید مانند هستند.

  در این مطالعه از سال 1399 تا 1400، تعداد کلی 400 نمونه شیر به طور تصادفی از نشخوارکنندگان اهلی (گاو، گوسفند، بز و گاومیش) در استان آذربایجان غربی جمع آوری شد. نمونه های شیر طی یک سال به صورت فصلی جمع آوری و همچنین سن حیوانات ثبت گردید. به منظور ردیابی ژنوم کوکسیلا بورنتی، از همه نمونه های شیر DNA استخراج شد. سپس برای تشخیص کوکسیلا بورنتی بر اساس ژن ترانسپوزونی IS1111 و پلاسمیدهایQpH1)، QpRS، QpDV و (QpDG  با کمک پرایمرهای اختصاصی برای هر ژن از واکنش زنجیره ای پلیمراز آشیانه ای استفاده شد.

  در مجموع، از 400 نمونه شیر گاو، گاومیش، گوسفند و بز براساس ژن IS1111، 62 نمونه (15.5 درصد) (95 درصد Cl: 19.4 -12.3 درصد) برای کوکسیلابورنتی مثبت بودند. از 62 نمونه مثبت، 16 نمونه (25.8 درصد)، (95 درصد Cl: 37.9 -16.6درصد) حاوی ژن پلاسمید QpH1 و 5 نمونه (8 درصد)، (95 درصد Cl: 17.5 -3.5 درصد) دارای پلاسمید QpRS بودند. همچنین هفت نمونه(3/11درصد)، (95درصد Cl: 21.5 - 5.6 درصد) برای QpDG و پنج نمونه (8درصد)، (95 درصد Cl: 17.5 - 3.5 درصد) مثبت برای ژن QpDV وجود داشت. این مطالعه نقش حیاتی پلاسمیدها را برای ماندگاری کوکسیلا بورنتی در شیر نشان می دهد و ابزاری را برای مطالعات ژنتیکی در کوکسیلابورنتی فراهم می کند. به نظر می رسد زنجیره ای پلیمراز آشیانه ای با پرایمرهای اختصاصی پلاسمید، روشی مفید برای تشخیص پلاسمیدهای کوکسیلابورنتی در شیر باشد. علاوه بر این، نتایج آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که توالی های به دست آمده دارای شباهت 100 درصدی هستند. درخت فیلوژنتیک ساخته شده بر اساس تجزیه و تحلیل پیوند همسایه ژن های جزئی نشان داد که 20 جدایه نزدیک به هم قرار گرفتند که 99.9 درصد شباهت را نشان می دهد و می تواند یکسان در نظر گرفته شود. توالی ژن های به دست آمده با شماره های دسترسی موجود در NCBI ثبت شد. نتایج به دست آمده از ابزار اصلی جستجوی هم ترازی محلی (BLAST)  نیز 100 درصد تشابه این توالی ها را با توالی های بیشتر در بانک ژن از منابع مختلف نشان داد.

  نتایج نشان داد که روش زنجیره ای پلیمراز آشیانه ای از حساسیت و دقت بالایی در تشخیص پلاسمیدهای کوکسیلا بورنتی برخوردار است. این روش می تواند روشی امیدوارکننده در تشخیص پلاسمیدهای کوکسیلا بورنتی باشد. همچنین می تواند یک روش سریع برای تشخیص سریع کوکسیلا بورنتی در نمونه های بالینی باشد.