جایگاه تاکسونومیکی دو جدایه ایرانی ویروس موزائیک نیشکر بر اساس تعییت ترادف نوکلئوتیدی ناحیه 3-ژنوم

دو جدایه ایرانی ویروس موزائیک نیشکر (Sugarcane mosaic virus، SCMV) به نام های KhzL66 و KhzQ86 از مزارع نیشکر شرکت کشت و توسعه نیشکر و صنایع جانبی آن در خوزستان جمع آوری و با استفاده از آغازگرهای دژنره پوتی ویروس ها یا اختصاصی SCMV، ناحیه ''3 ژنوم آنها به روش RT-PCR تکثیر و همسانه سازی گردید. قطعات پس از تعیین ترادف با هم جمع شدند و ترادف قطعه ای به طول 1815 نوکلئوتید بدست آمد که شامل قسمتی از ژن NIb، کل CP و 3''-UTR بود. ناحیه CP-UTR از این دو جدایه همراه با سایر جدایه های SCMV موجود در GenBank با برنامه های (DNASTAR) MegAlign و CLUSTALX آنالیز شد. این جدایه ها با تعدادی از ترادف های پوتی ویروس های دیگر شامل ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (Maize dwarf mosaic virus، MDMV)، ویروس موزائیک سورگوم (Sorghum mosaic virus، SrMV)، ویروس موزائیک قیاق (Johnson grass mosaic virus، HGMV)، ویروس موزائیک ایرانی قیاق (Iranian Johnson grass mosaic virus، IJMV) و ویروس موزائیک زآ (Zea mosaic virus، ZeMV) موجود در GenBank مقایسه و پس از انجام همردیف سازی چندگانه درخت فیلوژنتیکی آنها با روش Neighbor-joinning ترسیم گردید. در آنالیز فیلوژنتیکی 41 ترادف در 5 گروه شامل SrMV، ZeMV، IJMV، JGMV، MDMV و دو زیر گروه SCMV (زیر گروه I و II) قرار گرفتند. در این آنالیز قرار گرفتن جدایه های SCMV از ایران در کنار جدایه های مصر و آفریقای جنوبی در زیر گروه I این احتمال را به وجود می آورد که استرین های ایرانی منشا خارجی داشته و با قلمه به کشور وارد شده باشند.