کلونینگ و تعیین توالی قطعات HR1 و HR2 ژن F پروتئین ویروس بیماری نیوکاسل از ایزوله NR43 ایران

ویروس ND عامل بیماری نیوکاسل در ماکیان، که باعث خسارت های اقتصادی فراوان در صنعت مرغداری شده، جزء پارامیکسوویروس ها محسوب می گردد. پروتئین ادغام (F) که عامل اصلی بیماری زایی پارامیکسو ویروس ها است دارای دومین های HR1، HR2 و فیوژن پپتید است که نقشی بااهمیت در مکانیسم اتصال ویروس به سلول دارد، به طوری که جهش در این مناطق و پپتیدهای حاصل از آن قادر به ممانعت از اتصال ویروس به سلول میزبان است. در این پژوهش، یکی از ایزوله های بومی ویروس بیماری نیوکاسل (NR43) را انتخاب کرده، توالی قسمتی از ژنوم این ویروس با تاکید بر دومین های مهم، به عنوان یک مدل پارامیکسوویروسی مورد بررسی قرار گرفت.
پس از استخراج RNA ویروس، با استفاده از RT-PCR، ژن پروتئین F را به صورت دو قطعه حدود 800 جفت بازی (قطعه A: 820-10، قطعه B: 1636-810) تکثیر و درT-vector کلون کردیم و سپس تعیین توالی گردید.
نتایج و بحث: ترادف با دیگر توالی های ویروس نیوکاسل در نرم افزار Blast بیش ترین تشابه را ابتدا با ویروس روسی (Vol 95) و در درجه دوم با ویروس های چینی نشان می دهد. توالی Cleavage این ویروس "RRQRR" است. که اشاره به ولوژن بودن این ویروس می دارد. مقایسه ناحیه HR1 ایزوله NR43 با دیگر ویروس های بیماری نیوکاسل ولوژن موجود در بانک ژن، جهش جدیدی در اسیدآمینه شماره 82 را نشان می داد (لوسین به فنیل آلانین). بررسی قطعه B که شامل دومین HR2 می شود Conservatory بالایی با دیگر ویروس های نیوکاسل نیوکاسل نشان می دهد.