بررسی کارآیی روش زنجیره ای پلی مرآز با نسخه برداری معکوس در تعیین اشریشیا کلی موجود در آب آشامیدنی

واکنش زنجیره ای پلی مرآز (Polymerase chain reaction; PCR) از نظر سرعت، دقت و کارآیی نسبت به سایر روش های تشخیص اشریشیاکلی در آب، ارجحیت دارد. بروز نتایج مثبت کاذب از معایب این روش است و برای رفع این مشکل می-توان از واکنش زنجیره ای پلی مرآز معکوس (Reverse transcriptase- polymerase chain reaction; RT-PCR) استفاده نمود. در این تحقیق سعی گردیده تا علاوه بر تعیین کارآیی روش RT-PCR، میزان حساسیت این روش برای شناسایی اشریشیاکلی آب در مقایسه با روش MPN (Most Probable Number) نیز مورد بررسی قرار گیرد.
با استفاده از ترادف ژنی 16srRNA اشریشیاکلی پرایمرهای (S rRNA Forward) SF و SR(S rRNA Reverse) طراحی شدند. رقت های مختلف از باکتری در آب مقطر تهیه شده و سوسپانسیون باکتری از دو نوع فیلتر FHLP و HAWP، عبور داده شد. سپس،RT-PCR انجام گردید. شناسایی آلودگی 15 حلقه چاه آب شهر اراک و مقایسه آن با روش MPN برای بررسی کارآیی روش فوق انجام گرفت.
یافته های مطالعه حاضر نشان داد که RT-PCR قادر است وجود باکتری در رقت های مختلف را شناسایی کند. فیلترهای هیدروفوبیک از جمله FHLP در مقایسه با فیلترهای هیدروفیلیک HAWP توانایی بالاتری در جدا سازی باکتری ها دارند. به علاوه، مقایسه شناسایی آلودگی آب با دو روش MPN و RT-PCR انجام گرفته در این تحقیق نشان دهنده کارآیی بالای روش RT-PCR بود.
با استفاده از RT-PCR که حساسیت بیشتری نسبت به روش MPN دارد، می توان وجود باکتری حتی در رقت های بسیار پایین را نشان داد. همچنین، فیلترهای هیدروفوبیک نسبت به فیلترهای هیدروفیلیک قدرت بیشتری در جذب باکتری ها دارند.