بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی

پروتئین پوششی نقش های متعددی را در مراحل سیکل آلودگی به عهده دارد و گزینه مناسبی برای مطالعات تبارزایی و تنوع ژنتیکی به حساب می آید. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب بر ژن پروتئین پوششی جدایه های ویروس موزاییک زرد کدو (ZYMV)، هفت جدایه B10، B21، B22، H7، W5، Z3 و Z14 از غرب کشور و از میزبان های متفاوت تعیین توالی و با 65 جدایه قابل دسترس در پایگاه داده های نوکلئوتیدی مورد مقایسه قرار گرفتند. درخت تبارزایی جدایه های این ویروس بر اساس 432 نوکلئوتید از ژن پروتئین پوششی در نرم افزار MEGA6 ترسیم و برآوردهای تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب وارد بر پروتئین پوششی با نرم افزار DnaSP انجام شد. در آنالیز تبارزایی، جدایه ها در سه گروه مجزا تفکیک شدند که جدایه های B10، B21، B22، H7 و Z3 در گروه جدایه های ایرانی و اروپایی و دو جدایه Z14 و W5 در گروهی مجزا همراه با جدایه های شرقی قرار گرفتند. تنوع ژنتیکی (π) بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی(CP) نشان داد که جدایه های شرق نسبت به جدایه های ایران، اروپا و آمریکا بیشترین تنوع (π=0.104) را دارند. همچنین، این قسمت از ژنCP در جدایه های آمریکا از کمترین تنوع (π=0.0211) برخوردار بود. کمتر از یک شدن نسبت جانشینی مترادف (dS)به غیر مترادف (dN) بیانگر نقش موثر انتخاب منفی در تکامل این ژن بوده است. بررسی نوترکیبی با نرم افزار version 4.63 RDP4 حاکی از عدم نوترکیبی در این بخش از ژنوم بود و به نظر می رسد که تغییرات آن در اثر جهش حاصل شده باشد.