پیش بینی ژن های کاذب جدید در ژنوم مرجع گوسفند
نویسنده:
نوع مقاله:
مقاله پژوهشی/اصیل (دارای رتبه معتبر)
چکیده:
ژن های کاذب نسخه هایی از ژن اجدادی می باشند که به مرور زمان فعالیت آنها نسبت به ژن اولیه تغییر کرده است و در ژنوم بر اثر فرآیندهایی مانند مضاعف شدگی ژنی و همچنین رونویسی واژگون ایجاد شده اند. ژن های کاذب تا مدت ها به عنوان توالی های غیر عملکردی ژنوم در نظر گرفته می شدند. با این وجود پژوهش های اخیر گزارشاتی مبنی بر فعالیت زیستی این ژن ها ارائه داده اند، در نتیجه عملکردی بودن این ژن ها موجب افزایش حاشیه نویسی صحیح تر این ژن ها در ژنوم موجودات شده است. در پژوهش حاضر به منظور بهبود حاشیه نویسی ژنوم گوسفند، برای نخستین بار با استفاده از روش های محاسباتی بر پایه بررسی تشابه با استفاده از نرم افزار PseudoPipe، ژن های کاذب مرتبط با ژن های کدکننده پروتئین در سطح ژنوم شناسایی شدند. همچنین گروه های کارکردی ژن های والدی که ژن های کاذب از آنها مشتق شده اند با استفاده از پایگاه اینترنتی DAVID بررسی شدند. در نهایت ویژگی های مختلف ژن های کاذب کاندید جدید شناسایی شده با ژن های کاذب شناخته شده در گونه های انسان، موش و گاو مقایسه شدند. به طور کلی 4098 ژن کاذب با سطح اطمینان بالا شامل 1102 ژن کاذب از نوع مضاعف شده و 2996 از نوع پردازش شده شناسایی شدند. نتایج نشان داد که ژن های کاذب شناسایی شده در فرآیندهای زیستی گوناگونی مانند splicing mRNA، پیدایش ریبوزوم، اتصال rRNA، انتقال الکترون میتوکندریایی، ترجمه و غیره نقش دارند. مقایسه ویژگی های مختلف ژن های شناسایی شده با دیگر گونه ها نشان داد که نتایج حاصل از این پژوهش در تطابق با پژوهش های گذشته می باشد. نتایج حاصل از این پژوهش به بهبود حاشیه نویسی ژنوم گوسفند کمک خواهد کرد.
کلیدواژگان:
زبان:
فارسی
صفحات:
484 تا 497
لینک کوتاه:
magiran.com/p1820362
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یکساله به مبلغ 1,390,000ريال میتوانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
- حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران میشود.
- پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانههای چاپی و دیجیتال را به کاربر نمیدهد.
In order to view content subscription is required
Personal subscription
Subscribe magiran.com for 70 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!