شناسایی و تحلیل بیوانفورماتیکی ژن های ضد میکروبی دیفنسین از شش ژنوتیپ گیاه عدس

دیفنسین های گیاهی، خانواده ای بزرگ از پپتیدهای ضد میکروبی غنی از سیستئین هستند. این پپتیدها، مولکول هایی با جرم مولکولی 5 تا 7 کیلودالتون و دارای هشت اسید آمینه سیستئین محافظت شده هستند که در ایجاد پیوندهای دی سولفیدی نقش دارند. در این پژوهش برخی اعضاء خانواده ژنی دیفنسین در ژنوتیپ های مختلف گیاه عدس جداسازی و بررسی شدند. ابتدا، تمام توالی های کد کننده ی ژن های دیفنسین گیاهان دو لپه ای از بانک ژن دریافت شد. توالی های کد کننده ی دریافت شده، در کتابخانه EST گیاه عدس همردیف و نتایج حاصل با هم مخلوط و سر هم بندی شدند. کانتیگ ها و سینگلتون های حاصل از سرهم بندی با استفاده از ابزار BLASTn، علیه پایگاه داده nr همردیف شدند. از کانتیگ ها و سینگلتون های دارای چارچوب خوانش باز کامل دیفنسین برای طراحی آغازگرها استفاده شد. در مرحله ی بعدی، از ژنوتیپ های گچساران، محلی، Filip2003-2L، Filip2003-9L، Filip2005-2L و Filip2006-10L گیاه عدس استخراج DNA صورت گرفت. در نهایت، توالی ژنومی دیفنسین ها با استفاده از واکنش PCR تکثیر شد و پس از همسانه سازی در ناقل pTZ57R/T مورد توالی یابی قرار گرفت. نتایج، شباهت کامل را در دیفنسین های جداسازی شده از ژنوتیپ های مورد بررسی نشان داد. ژن های شناسایی شده همچنین دارای اینترون هایی با طول متغیر بودند که ساختاری محافظت شده داشتند و حاوی عناصر تنظیمی برای پاسخ به عوامل و شرایط مختلف بودند. در این پژوهش برای اولین بار، توالی ژنومی سه ژن از ژن های خانواده دیفنسین از ژنوتیپ های مختلف گیاه عدس جداسازی و ساختار و ویژگی های آن ها مشخص شد.