همسانه سازی و بررسی بیوانفورماتیکی توالی رمزگردان (CDS) ژن دلتا 6 دسچوراز از قارچ مورتیرلا آلپینا سویه CBS 754.68

دسچورازهای غشایی و آنزیم های وابسته به آنها نقشی اساسی در بیوسنتز اسیدهای چرب غیراشباع ایفا می کنند. دلتا 6 دسچوراز، آنزیمی کلیدی در بیوسنتز اسیدهای چرب غیراشباع است. قارچ مورتیرلا آلپینا، گونه ای روغنی و دارای دلتا 6 دسچوراز فعال است و در سال های اخیر مورد توجه پژوهشگران قرارگرفته است.
مواد و روش‏‏ها: پس از استخراج RNA و سنتز cDNA از قارچ مورتیرلا آلپینا سویه CBS 754.68، ژن دلتا 6 دسچوراز توسط آغازگرهای اختصاصی حاوی توالی کوزاک تکثیر و قطعه تکثیرشده در ناقل همسانه سازی pBlueScriptSK+ حاوی پروموتور اختصاصی بذر ناپین درج شد. پلاسمید نوترکیب با استفاده از روش شیمیایی به باکتری اشریشیا کلی سویه DH5α ترانسفورم شد. سازه حاصل در ناقل دوگانه pBI121 همسانه سازی و برای انتقال به گیاه، به آگروباکتریوم سویه LBA4404 ترانسفورم شد. ویژگی های بیوانفورماتیکی ژن موردنظر با سرورهای TMHMM، ProtParam و Psipred بررسی شد.
درستی همسانه سازی با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز توسط آغازگرهای اختصاصی، هضم آنزیمی و توالی یابی تایید شد. تکثیر قطعه 830 جفت نوکلئوتیدی با استفاده از آغازگر داخلی پروموتور ناپین و ژن دلتا 6 دسچوراز، الحاق ژن در امتداد پروموتور ناپین را تایید کرد. نتایج توالی یابی نوکلئوتیدی نشان دادند که توالی نوکلئوتیدی این ژن، 1374 جفت باز است و پروتئینی با 457 آمینواسید را رمز می کند. وجود دمین سیتوکروم b5، سه موتیف جعبه هیستیدین، دمین های تراغشایی و حفاظت شده از طریق بررسی بیوانفورماتیک تایید شدند.
بحث و نتیجه گیری: با استناد به نتایج بلاست پروتئینی و تایید حضور دمین های کارکردی، پیش بینی می شود که توالی همسانه سازی شده از این قارچ دارای فعالیت آنزیمی مدنظر است. تایید این نتایج به بررسی بیان این ژن در سیستم گیاهی مناسب و بررسی کارکرد آن در سطح آنزیمی نیازمند است