A bias-variance trade-off in the prediction error estimation behavior in bootstrap methods for microarray leukemia classification
Message:
Article Type:
Research/Original Article (دارای رتبه معتبر)
Abstract:
Background & Aim
The bootstrap is a method that resample from the original data set. There are the wide ranges of bootstrap application for estimating the prediction error rate. We compare some bootstrap methods for estimating prediction error in classification and choose the best method for the microarray leukemia classification. Methods & Materials: The sample consist of n=38 patients with acute lymphoblastic leukemia (ALL) and acute myeloid leukemia (AML) with p=4120 genes that n-p from an existing database. We carried out following steps. (1) Resample from the original sample. (2) Divide the sample to two sets, learning set and test set by 3-fold cross validation. (3) Train 1NN, CART and DLDA classifiers and compute its misclassification error by comparing the predicted class of the remaining samples with the true class. (4) Average theerrors on B bootstrap samples.
Results
Standard deviation, bias and MSE for comparing four bootstrap methods by three classifiers were computed. For choosing the best method, we assess a bias-variance tradeoff in the behavior of prediction error estimates. The 0.632+ BT is approximately un-bias and has small variability. However, the LOOBT procedure has big variability and is biased. Also we provide a table and some figures in the section 4.
Conclusion
The bias and variance of the prediction error rates have high variability in various bootstrap methods. Although the 0.632+ BT is approximately un-bias and has small variability, other resampling methods maybe are useful for the microarray classification in the different situations.
Language:
English
Published:
Journal of Biostatistics and Epidemiology, Volume:4 Issue: 3, Summmer 2018
Pages:
49 to 54
magiran.com/p1910047  
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یک‌ساله به مبلغ 990,000ريال می‌توانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.
دسترسی سراسری کاربران دانشگاه پیام نور!
اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه پیام نور در سراسر کشور، در صورت ثبت نام با ایمیل دانشگاهی، تا پایان فروردین ماه 1403 به مقالات سایت دسترسی خواهند داشت!
In order to view content subscription is required

Personal subscription
Subscribe magiran.com for 50 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!