|  درخواست عضويت  |  رمز خود را فراموش کرده ايد؟  |  ورود اعضا [Sign in]
جستجوي پيشرفته مطالب   |  
 جستجو:  
بررسي عملكرد الگوريتم هوشمند تجزيه مقدار تكين (SVD) در بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته در سناريوهاي مختلف از تعداد نشانگر، اندازه جمعيت و فراواني آلل نادر
magiran.com >  فصلنامه پژوهشهاي علوم دامي ايران >سال دهم، شماره 4 > متن
مشخصات نشريه
آخرين شماره
آرشيو شماره هاي گذشته
جستجوي مطالب
سايت اختصاصي
تماس با نشريه
ارسال الکترونيکي مقاله
شماره جديد اين نشريه
سال يازدهم
شماره 1
بهار 1398


 راهنمای موضوعی نشريات
اين نشريه در گروه(های) زير قرار گرفته است:

?????


 


فصلنامه پژوهشهاي علوم دامي ايران ، سال دهم، شماره 4



عنوان:
بررسي عملكرد الگوريتم هوشمند تجزيه مقدار تكين (SVD) در بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته در سناريوهاي مختلف از تعداد نشانگر، اندازه جمعيت و فراواني آلل نادر


نويسنده(گان):
فرهاد غفوري كسبي، علي گودر تله جردي *،

پست الکترونيک: A.goudarz (a) basu.ac.ir


چکيده:

هدف از اين تحقيق بررسي عملكرد الگوريتم هوشمند تجزيه مقدار تكين31(SVD) در بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته بود. به اين منظور، ژنومي متشكل از 1 كروموزوم به طول يك مورگان كه بر روي آن در سناريوهاي مختلف به ترتيب 500، 1000، 1500، 2000، 2500 و 3000 نشانگر تك نوكلئوتيدي دو آللي (SNP) با فراواني اوليه يكسان 5/0 توزيع شده بود براي 1000 فرد شبيه سازي شد. در ادامه جهت ايجاد فايل اطلاعات در چهارچوب اطلاعات”تعيين ژنوتيپ با توالي يابي“42(GBS) اطلاعات ژنوتيپي به ترتيب 5%، 10%، 25%، 50%، 75% و 90% از SNPهاي افراد از ماتريس ژنوتيپي حذف شده و مجددا توسط روش SVD بازيابي شدند. درصد ژنوتيپ هاي به درستي بازيابي شده (نسبت تعداد ژنوتيپ هاي به درستي بازيابي شده به كل ژنوتيپ هاي از دست رفته) به عنوان شاخصي از صحت بازيابي ژنوتيپ (r) در سناريوهاي مختلف مورد استفاده قرار گرفت. صحت بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته با استفاده از روش SVD قابل توجه بود به طوري كه با افزايش درصد ژنوتيپ هاي از دست رفته تا 50%، SVD با صحتي در حدود 80% ژنوتيپ هاي از دست رفته را بازيابي نمود. در سناريوهاي 75% و 90% ژنوتيپ از دست رفته صحت بازيابي ژنوتيپ كاهش يافته و به ترتيب 70% و 48% بود. در شرايط برابر از تعداد نشانگر و درصد ژنوتيپ از دست رفته، با افزايش تعداد افراد حاضر در جمعيت از 1000 به 2000 فرد، توانايي بازيابي ژنوتيپ توسط روش SVD افزايش يافت. در يك درصد ثابت از ژنوتيپ هاي از دست رفته، با افزايش تعداد نشانگر صحت بازيابي ژنوتيپ افزايش يافت به نحوي كه با افزايش تعداد نشانگر از 500 به 3000 نشانگر، حدودا 10% به صحت بازيابي ژنوتيپ افزوده شد. يك رابطه معكوس بين ميزان فراواني آلل نادر (MAF) و r مشاهده شد به گونه اي كه با افزايش MAF از 01/0 به 40/0 صحت بازيابي ژنوتيپ به ميزان 8 درصد كاهش يافت. به طور كلي نتايج اين تحقيق نشان داد كه الگوريتم SVD با صحت بالايي مي تواند ژنوتيپ هاي از دست رفته را بازيابي كند به ويژه زماني كه درصد ژنوتيپ هاي از دست رفته كم باشد، اندازه جمعيت بزرگ باشد و فراواني آلل نادر نيز پايين باشد.



کليدواژگان:
الگوريتم SVDI، بازيابي ژنوتيپ، SNP


لينک کوتاه به اين صفحه:  
 

دوست گرامي:

    با تشکر از همراهي شما به اطلاع مي رساند مطالعه متن مقالات نشريات و خدمات اختصاصي اين سايت تنها براي اعضا و با پرداخت حق عضويت (اشتراک طلايي) امکان پذير است.

  هزینه حق عضویت سالانه(اشتراک طلایی):

  • مشترکان داخل کشور     250.000 ريال (100 مقاله اعتبار اولیه) پرداخت با همه کارتهای بانکی
  • مشترکان خارج از کشور   50 دلار  (100 مقاله اعتبار اولیه) پرداخت با  Paypal
  اگر عضو سايت هستيد:
     شناسه کاربري:
     رمز عبور:

  اگر عضو سايت نيستيد:
شما با تکميل فرم عضويت و تاييد نشاني ايميل خود در سايت "بانک اطلاعات نشريات کشور magiran.com"  مي توانيد از امکانات اختصاصي اين سايت به شرح زير استفاده نماييد.:
  • دسترسي به متن مقالات پس از پرداخت حق عضويت و فعال سازی اشتراک طلايي
  • استفاده از  فروشگاه سايت و سفارش اينترنتي اشتراک نسخه چاپي نشريات با 10 درصد تخفيف
  • ايجاد فهرست نشريات مورد علاقه براي دسترسي سريع
  • اطلاع از انتشار نشريات مورد علاقه از طريق پست الکترونيکي
  • دريافت روزانه سرخط مطالب روزنامه هاي عضو بر اساس کلمات انتخابي خودتان تا سقف 10 عنوان


آيا مايل به عضويت در بانک اطلاعات نشريات کشور هستيد؟ 
(رايگان)

          

 



 

 

 
 
ارسال مطلب به دوستان
نظر بدهيد
ثبت در فهرست علائق

معرفی سايت به ديگران
گزارش اشکال در اطلاعات
اشتراک نشريات ديگر



 

اعتماد
ايران
جام جم
دنياي اقتصاد
رسالت
شرق
كيهان
 پيشخوان
ماهنامه كار و جامعه
متن مطالب شماره 226، اسفند 1397را در magiran بخوانيد.

 

 

 

سايت را به دوستان خود معرفی کنيد    
 1397-1380 کليه حقوق متعلق به سايت بانک اطلاعات نشريات کشور است.
اطلاعات مندرج در اين پايگاه فقط جهت مطالعه کاربران با رعايت شرايط اعلام شده است.  کپی برداري و بازنشر اطلاعات به هر روش و با هر هدفی ممنوع و پيگيرد قانوني دارد.
 

پشتيبانی سايت magiran.com (در ساعات اداری): 77512642  021
تهران، صندوق پستی 111-15655
فقط در مورد خدمات سايت با ما تماس بگيريد. در مورد محتوای اخبار و مطالب منتشر شده در مجلات و روزنامه ها اطلاعی نداريم!
 


توجه:
magiran.com پايگاهی مرجع است که با هدف اطلاع رسانی و دسترسی به همه مجلات کشور توسط بخش خصوصی و به صورت مستقل اداره می شود. همکاری نشريات عضو تنها مشارکت در تکميل و توسعه سايت است و مسئوليت چگونگی ارايه خدمات سايت بر عهده ايشان نمی باشد.



تمامي خدمات پایگاه magiran.com ، حسب مورد داراي مجوزهاي لازم از مراجع مربوطه مي‌باشند و فعاليت‌هاي اين سايت تابع قوانين و مقررات جمهوري اسلامي ايران است