مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC1-G و آپتامر anti-MUC1

 مطالعه برهم کنش های آنالیت- زیست پذیرنده در سطح مولکولی در راندمان طراحی زیست حسگرها نقش اساسی دارد. زیست حسگرهایی که از آپتامرها به عنوان پذیرنده زیستی استفاده می کنند، بسیار کارآمد بوده و دارای اختصاصیت بالا و قابلیت استفاده مجدد هستند. آپتاحسگرها می توانند در شرایط مختلف داخل بدن یا در شرایط آزمایشگاهی استفاده شوند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC1-G و آپتامر anti-MUC1 است. روش شبیه سازی دینامیک مولکولی برای بررسی تغییر برهم کنش های مولکولی به علت تغییرات انتخابی در شرایط حلال، به کار گرفته شده است. نتایج می تواند برای منعکس کردن محیط های مختلف در آپتاحسگری که از آپتامر anti-MUC1 S2.2 به عنوان زیست پذیرنده و از پپتید MUC1-G به عنوان زیست شناساگر استفاده می کند، به کار گرفته شوند. براساس انرژی های اتصال محاسبه شده، آپتامر anti-MUC1 S2.2 بالاترین تمایل به پپتید MUC1-G را در محیط 0/10مولار سدیم کلرید در میان غلظت های مطالعه شده سدیم کلرید نشان داده و اسیدآمینه آرژنین در اتصال پپتید-آپتامر نقش کلیدی ایفا می نماید. نتایج شبیه سازی های دینامیک مولکولی نشان داد که افزایش غلظت حلال سدیم کلرید در محیط باعث کاهش انرژی های اتصال می شود و بنابراین تمایل اتصال آپتامر anti-MUC1 به پپتید MUC1-G با افزایش غلظت کمتر می شود. دیدگاه به دست آمده از مدل سازی حاضر انتخاب پذیری و حساسیت نسبت به شرایط حلال در مورد MUC1 را نشان می دهد که در توسعه زیست حسگرها باید ملاحظه شود.