|  درخواست عضويت  |  رمز خود را فراموش کرده ايد؟  |  ورود اعضا [Sign in]
جستجوي پيشرفته مطالب   |  
 جستجو:  
مطالعه تنوع ميكروبيوم چسبيده به ذرات كاه برنج در شكمبه گوسفند: آناليز مقايسه اي بين دو روش تعيين توالي 16S rDNA و كل متاژنوم
magiran.com >  فصلنامه ژنتيك نوين >سال سيزدهم، شماره 4 (پياپي 55) > متن
مشخصات نشريه
آخرين شماره
آرشيو شماره هاي گذشته
جستجوي مطالب
سايت اختصاصي
تماس با نشريه
ارسال الکترونيکي مقاله
شماره جديد اين نشريه
سال سيزدهم
شماره 4
(پياپي 55)
زمستان 1397


 راهنمای موضوعی نشريات
اين نشريه در گروه(های) زير قرار گرفته است:

?????


 


فصلنامه ژنتيك نوين ، سال سيزدهم، شماره 4 (پياپي 55)



عنوان:
مطالعه تنوع ميكروبيوم چسبيده به ذرات كاه برنج در شكمبه گوسفند: آناليز مقايسه اي بين دو روش تعيين توالي 16S rDNA و كل متاژنوم


نويسنده(گان):
سيد محمد فرهاد وحيدي، قاسم حسيني سالكده، فضل اله افراز، مهرداد بهمنش *،

پست الکترونيک: Behmanesh (a) modares.ac.ir


چکيده:

شكمبه را به عنوان يكي از ظريف ترين و پيشرفته ترين سيستم هاي هضم سلولزي در طبيعت توصيف كرده اند. ميكروبيوم موجود در شكمبه با اتصال و كلونيزه شدن روي مواد غذايي و ترشح آنزيم هاي تجزيه كننده فيبر، تركيبات ليگنوسلولزي را تجزيه و به تركيبات قابل استفاده براي حيوان ميزبان تبديل مي كنند. هدف از اين تحقيق شناسايي و درك ارتباط بين مهم ترين باكتري هايي است كه طي انكوباسيون كاه برنج در شكمبه آن را كلونيزه مي كنند. هم چنين در اين مطالعه اثر استفاده از دو نوع داده متفاوت حاصل از تعيين توالي مبتني بر آمپليكون (ناحيه V3-V4 ژن 16S rRNA) و مبتني بر كل متاژنوم بر روي آناليز اجتماعات ميكروبي چسبيده به كاه برنج با يكديگر مقايسه شدند. در اين مطالعه از سه راس گوسفند نژاد شال فيستوله شده براي انكوبه كردن كاه برنج در دوره هاي زماني 24، 48، 72 و 96 ساعت استفاده شد. پس از جداسازي باكتري ها و استخراج DNA، از دو روش Illumina Miseq 300PE و Hiseq4000, 100bp PE به ترتيب براي تعيين توالي ناحيه V3-V4 ژن 16S rRNA و كل متاژنوم استفاده شد. پروفايل تاكسونوميكي و آناليز تنوع و غناي ميكروبي براي هر دو مجموعه داده، تهيه و با يكديگر مقايسه شد. نتايج نشان داد كه يك اثر هم افزايي و همپوشاني بين اعضاي فيلوم هاي شناسايي شده وجود دارد و با در نظر گرفتن فراواني نسبي به نظر مي رسد كه اعضاي فيلوم هاي Firmicutes، Fibrobacter و Spirochaetes نقش حياتي در اين زمينه ايفا مي كنند. يك همبستگي ضعيف بين دو روش تعيين توالي مورد استفاده مشاهده شد. شاخص ترين وجه تمايز بين دو روش تعيين توالي، شناسايي باكتري ها در سطح گونه بود كه روش Hiseq به لحاظ پوشش ژنومي و نوع الگوريتم تشخيصي قدرتمندتر ظاهر شد. هم چنين مشاهده شد كه نوع نرم افزارهاي انتخابي براي طبقه بندي تاكسونوميكي مي تواند نقش حياتي و حتي قدرت تفكيك بيش تري نسبت به نوع تكنولوژي انتخابي براي تعيين توالي كل متاژنوم و هم چنين نوع ناحيه انتخاب شده براي تكثير و توالي يابي ژن هدف داشته باشد.



کليدواژگان:
شكمبه، كاه برنج، متاژنوم، Illumina Hiseq، Illumina Miseq


لينک کوتاه به اين صفحه:  
 

دوست گرامي:

    با تشکر از همراهي شما به اطلاع مي رساند مطالعه متن مقالات نشريات و خدمات اختصاصي اين سايت تنها براي اعضا و با پرداخت حق عضويت (اشتراک طلايي) امکان پذير است.

  هزینه حق عضویت سالانه(اشتراک طلایی):

  • مشترکان داخل کشور     250.000 ريال (100 مقاله اعتبار اولیه) پرداخت با همه کارتهای بانکی
  • مشترکان خارج از کشور   50 دلار  (100 مقاله اعتبار اولیه) پرداخت با  Paypal
  اگر عضو سايت هستيد:
     شناسه کاربري:
     رمز عبور:

  اگر عضو سايت نيستيد:
شما با تکميل فرم عضويت و تاييد نشاني ايميل خود در سايت "بانک اطلاعات نشريات کشور magiran.com"  مي توانيد از امکانات اختصاصي اين سايت به شرح زير استفاده نماييد.:
  • دسترسي به متن مقالات پس از پرداخت حق عضويت و فعال سازی اشتراک طلايي
  • استفاده از  فروشگاه سايت و سفارش اينترنتي اشتراک نسخه چاپي نشريات با 10 درصد تخفيف
  • ايجاد فهرست نشريات مورد علاقه براي دسترسي سريع
  • اطلاع از انتشار نشريات مورد علاقه از طريق پست الکترونيکي
  • دريافت روزانه سرخط مطالب روزنامه هاي عضو بر اساس کلمات انتخابي خودتان تا سقف 10 عنوان


آيا مايل به عضويت در بانک اطلاعات نشريات کشور هستيد؟ 
(رايگان)

          

 



 

 

 
 
ارسال مطلب به دوستان
نظر بدهيد
ثبت در فهرست علائق

معرفی سايت به ديگران
گزارش اشکال در اطلاعات
اشتراک نشريات ديگر



 

اعتماد
ايران
جام جم
دنياي اقتصاد
رسالت
شرق
كيهان
 پيشخوان
فصلنامه پژوهش در برنامه ريزي درسي
متن مطالب شماره 61، تابستان 1398را در magiran بخوانيد.

 

 

 

سايت را به دوستان خود معرفی کنيد    
 1397-1380 کليه حقوق متعلق به سايت بانک اطلاعات نشريات کشور است.
اطلاعات مندرج در اين پايگاه فقط جهت مطالعه کاربران با رعايت شرايط اعلام شده است.  کپی برداري و بازنشر اطلاعات به هر روش و با هر هدفی ممنوع و پيگيرد قانوني دارد.
 

پشتيبانی سايت magiran.com (در ساعات اداری): 77512642  021
تهران، صندوق پستی 111-15655
فقط در مورد خدمات سايت با ما تماس بگيريد. در مورد محتوای اخبار و مطالب منتشر شده در مجلات و روزنامه ها اطلاعی نداريم!
 


توجه:
magiran.com پايگاهی مرجع است که با هدف اطلاع رسانی و دسترسی به همه مجلات کشور توسط بخش خصوصی و به صورت مستقل اداره می شود. همکاری نشريات عضو تنها مشارکت در تکميل و توسعه سايت است و مسئوليت چگونگی ارايه خدمات سايت بر عهده ايشان نمی باشد.



تمامي خدمات پایگاه magiran.com ، حسب مورد داراي مجوزهاي لازم از مراجع مربوطه مي‌باشند و فعاليت‌هاي اين سايت تابع قوانين و مقررات جمهوري اسلامي ايران است