شناسایی، همسانه سازی و بررسی برخی ژن های ضد میکروبی دیفنسین گیاه یولاف Avena sativa

ظهور و گسترش مقاومت آنتی بیوتیکی در میان باکتری های بیماری زا یک تهدید جدی سلامت عمومی در جهانی است. به خاطر افزایش مقاومت به آنتی بیوتیک های مرسوم، بیشتر مطالعات روی توسعه پپتیدهای ضد میکروبی به عنوان یک درمان جایگزین متمرکز شده اند. دیفنسین ها گروهی از پپتیدهای ضد میکروبی غنی از سیستئین هستند که در گیاهان و جانوران وجود دارند. این پپتیدها در گیاهان به عنوان یک مکانیسم دفاعی علیه پاتوژن ها و آفات عمل می کنند. هدف از این تحقیق، شناسایی برخی از ژن های دیفنسین از گیاه یولاف و بررسی ویژگی های آن ها بود. به این منظور، خانواده ژنی دیفنسین گیاه گندم از بانک ژن دریافت و علیه ترانسکریپتوم گیاه یولاف مورد همردیفی قرار گرفت. توالی های حاصل از هم ردیفی جمع آوری و سرهم بندی شدند و سپس کانتیگ ها و سینگلتون های به دست آمده با استفاده از ابزار BLASTn، علیه پایگاه داده نوکلئوتیدی هم ردیف شدند. توالی های حاصل برای وجود چارچوب خوانش باز کامل بررسی و از توالی های حاوی چارچوب خوانش باز کامل برای طراحی آغازگرها استفاده شد. در مرحله ی بعد، از مخلوط بافت های (ریشه، ساقه و برگ) گیاه یولاف استخراج RNA صورت گرفت و cDNA ساخته شد. قطعات 327، 340، 375، 391 و 397 جفت بازی بوسیله PCR تکثیر و در ناقل pTZ57R/T همسانه سازی و توالی یابی شدند. نتایج آنالیز بیوانفورماتیکی، وجود 9 توالی کد کننده برای ژن های دیفنسین را در ترانسکریپتوم گیاه یولاف مشخص کرد. از این تعداد 5 ژن همسانه سازی و تعیین توالی شدند. این ژن ها دارای چارچوب های خوانش باز بین 246-234 بودند و پپتیدهایی به طول بین 81- 77 اسید آمینه را کد می کردند. توالی پپتیدی دیفنسین های شناسایی شده، دارای دمین عملکردی Knot1 از خانواده gamma-thionin بود. شناسایی ژن ها و بررسی خصوصیات آن ها، اولین قدم در مهندسی ژنتیک و تولید موجودات با صفات مفید است. در این تحقیق برای اولین بار، توالی کد کننده ی 5 ژن دیفنسین از گیاه یولاف جداسازی شد و ساختار و ویژگی های مختلف آن ها مورد بررسی قرار گرفت.