ارزیابی تکنولوژی ریزآرایه های الیگونوکلئوتیدی در تشخیص باکتری های پاتوژن منتقله از طریق غذا

روش های سنتی در تشخیص باکتری های پاتوژن منتقله از طریق غذا بسیار وقت گیر و زمانبر می باشند، بنابراین استفاده از روش های دقیق و قابل اطمینان در تشخیص پاتوژن های میکروبی مورد نیاز است. هدف از این پژوهش طراحی پرایمرهای یونیورسالبرای تکثیر ژن 23S rDNA و هیبریدیزاسیون ریز آرایه های الیگونوکلئوتیدی به منظور ارزیابی کارایی و عملکرد توالی 23S rDNA در تشخیص باکتری های منتقل شونده از طریق غذا می باشد.
با مقایسه نواحی ثابت و متغیر ژن 23S rDNA از 9 گونه باکتری پاتوژن منتقله از طریق غذا و با استفاده از اطلاعات موجود در بانک ژنی، طراحی پروب های الیگونوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار Vector NTI صورت گرفت. پروب های الیگونوکلئوتیدی برای هر گونه از باکتری ها (مجموعا 28 پروب) برای اتصال به غشای نیتروسلولزیاستفاده شد. PCR از ژن مذکور با استفاده از یک جفت پرایمریونیورسالنشاندار شده توسط Digoxigeninصورت گرفت. سپس محصولات بدست آمده با آرایه های نوکلئوتیدی متصل به غشاینیتروسلولزیهیبربد گردیدند.
در این مطالعه از اشریشیاکلی، لیستریامونوسیتوژنز، انتروکوکوسفکالیس، ویبریوکلرا، شیگلادیسانتری، استافیلوکوکوساورئوس، سالمونلاانتریکا، پروتئوسولگاریس و باسیلوسسرئوس به عنوان شایع ترین باکتری های پاتوژن منتقله از طریق غذا استفاده گردید. نتایج نشان داد که به استثنای شیگلادیسانتری سایر باکتری ها قادر به تشخیص و شناسایی توسط ریز آرایه های الیگونوکلئوتیدی می باشند. حساسیت روش ریز آرایه ها 103 واحد تشکیل دهنده کلنی (CFU) محاسبه گردید.
این مطالعه نشان داد که 23S rDNA، به دلیل داشتن نواحی متغیر کافی و همچنین با استفاده از پرایمرهای یونیورسال و تکثیر نواحی حفاظت شده ژن یاد شده می توان در تشخیص باکتری های پاتوژن استفاده نمود. بنابراین تکنیک ریزآرایه های الیگونوکلئوتیدی یک روش سریع و قدرتمند در تشخیص این پاتوژن ها می باشد.