برای نخستین بار پیشنهاد ایجاد مکانی به نام موزه از سوی مرحوم مرتضی قلی هدایت ملقب به صنیع الدوله عنوان شد. او در فکر ایجاد موزه و اداره ای به نام اداره عتیقات برای ساماندهی به وضع کاوش های تجاری بود اما به این مقصود نرسید.

نخستین موزه در 1295 خورشیدی به نام موزه ملی یا موزه معارف در یکی از اتاق های بزرگ وزارت معارف که در سمت شمال بنای مدرسه دارالفنون قرار داشت تشکیل شد. این موزه دارای 270 قلم شیء مفرغی، سفالی، شیشه ای، سکه، سلاح های قدیمی، مهر، اشیای چوبی، مرقعات، کتاب و منسوجات بود که به وسیله کارمندان اداره عتیقات جمع آوری یا به وسیله مردم اهدا شده بود.