فرزند آیت الله خوشوقت استاد اخلاق اتهام مشارکت آن مرحوم در ماجرای قتل های زنجیره ای را رد کرد.محمد حسین خوشوقت درباره آنچه نقش آیت الله خوشوقت در صدور فتوای قتل های زنجیره ای خوانده می شود، گفت: این تهمت، یکی از ظلم های بزرگی بود که در حق این مرد خدا روا داشته شد. به اعتقاد من، بدخواهان با وارد ساختن تهمت صدور فتوای قتل دگراندیشان، می خواستند در واقع، رهبر معظم انقلاب را هدف قرار دهند. با مطالعه بازجویی مکتوب اما جعلی منسوب به سعید امامی، می توان به این مقصود پی برد. در آن جا نوشته اند که سعید امامی گفت که آیت الله خوشوقت هم آمدند و گفتند نباید به این ها(قربانیان دگراندیش) رحم کرد!