حضرت آیت الله خامنه ای در پیامی درگذشت عالم خدمتگزار و پرتلاش، حجت الاسلام والمسلمین آقای سیدجعفر مرتضی را تسلیت گفتند. متن پیام مقام معظم رهبری به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

خبر درگذشت عالم خدمتگزار و پرتلاش جناب حجهالاسلام والمسلمین آقای سیدجعفر مرتضی در لبنان را با تاسف دریافت کردم. این عالم بزرگوار با تالیفات وزین و پرحجم و محققانه ی خود در تاریخ صدر اسلام که از نگارشی شیوا و قلمی قدرتمند برخوردار است، خدمت بزرگی به دنیای اسلام تقدیم کرده و نیاز فرهنگی مهمی را برآورده ساخته است. اینجانب به خاندان مکرم و بازماندگان ایشان و به جامعه ی علمی لبنان تسلیت عرض میکنم و رحمت و مغفرت الهی و حشر با اجداد طاهرین را برای وی مسالت مینمایم.

روسای قوای مجریه و قضائیه نیز به مناسبت رحلت آیت الله مرتضی عاملی پیام تسلیتی صادر کردند.