آیت الله شبیری زنجانی، حفظ استقلالی مالی حوزه های علمیه از دولت ها را یک ضرورت دانست و تصریح کرد دست حوزه نباید مقابل دیگران دراز باشد. به گزارش «انتخاب»، ایشان در دیدار با حجت الإسلام والمسلمین اعرافی مدیر حوزه های علمیه کشور خاطرنشان کرد: خیلی خوب است که شما پیگیر استقلال مالی حوزه ها هستید. مرجع تقلید با انتقاد از رواج مدرک گرایی در حوزه های علمیه فرمود علم را یا باید برای خدا و پاداش اخروی فراگرفت یا برای خود علم و ارزشمندی آن. وقتی که کسی برای مدرک درس می خواند، ملا نمی شود. آیت الله  شبیری زنجانی افزود: آموختن علم نباید به خاطر امور دنیوی باشد. مرحوم آقای مجتهدی تبریزی، در ابتدای طلبگی به من گفت که در دانشگاه برای مدرک گرفتن درس می خواند اما شما برای خود علم موضوعیت قائل هستید، اما الان طوری شده که طلاب وضع دانشگاهی پیدا کرده اند. از سیستم آموزشی دانشگاه، امثال شیخ طوسی و آخوند خراسانی بیرون نمی آید. شما افراد را تشویق کنید که اینگونه درس بخوانند.