قانون مالیات ارزش افزوده در نوع خود یک قانون جدید است و طبعا اشکالات فراوانی دارد که حل وفصل برخی از آنها نیازمند اصلاح قانون و برخی دیگر مستلزم اصلاح رویه سازمان امور مالیاتی است. یکی از مواردی که می تواند با اصلاح رویه سازمان امور مالیاتی حل وفصل شود، مشکل مالیات ارزش افزوده شرکت ها در مرحله قبل از بهره برداری است.

به موجب ماده 17 قانون مالیات ارزش افزوده، مالیات هایی که مودیان در موقع خرید کالا یا خدمت برای فعالیت های اقتصادی خود به استناد صورت حساب های صادره موضوع این قانون پرداخت کرده اند، حسب مورد از مالیات های وصول شده توسط آنها کسر یا به آنها مسترد می شود. در همین راستا ماشین آلات و تجهیزات خطوط تولید نیز از جمله کالا های مورد استفاده برای فعالیت های اقتصادی مودی محسوب خواهد شد.