چند سال آخر عمر را افسرده و خشمگین بود و اغلب اوقات به میگساری و مستی پناه می برد. اما در ساعت های هوشیاری، بیشتر از هر چیز به تلافی شکست چالدران می اندیشید. دستور داده بود روی همه پرچم ها واژه القصاص را نقش کنند تا هدف بزرگ همیشه پیش چشم ها باشد و کسی، به ویژه پسرهایش آن را از یاد نبرد. حتی به ارتباط با دولت های مسیحی و تشکیل اتحادی ضد امپراتوری عثمانی فکر کرد و به همین انگیزه نامه هایی هم به شاهان اروپایی نوشت. اما این اتحاد چه آن زمان و چه بعدها در دوره جانشینانش هم عملی نشد. شاه اسماعیل صفوی دوم خرداد 903 در 37سالگی حوالی تبریز از دنیا رفت و در اردبیل، کنار جدش شیخ صفی الدین اردبیلی به خاک