طاعون، بیماری بسیار عفونی و مشترک بین انسان و موش در تاریخ ایران اغلب همراه با وبا شیوع یافته است. پزشکان ایرانی مانند «ابوسهل مسیحی» در رساله ای پیرامون طاعون، «علی بن عباس مجوسی» در کتاب طب ملکی و «ابوعلی سینا» در کتاب قانون این بیماری را توصیف و به آن پرداخته اند. همان گونه که در مبحث مربوط به وبا اشاره شد برخی از منابع به سبب تشخیص ندادن به طور همزمان از طاعون در کنار وبا سخن می گویند، اما در منابع مربوط به دوره تیموری به طور جداگانه هم به این بیماری پرداخته شده است.

گزارش مورخ نامی «محمدبن خاوندشاه معروف به میرخواند» مربوط به سال 780ه.ق که بیان می کند: «در تابستان آن سال، بیماری طاعون در کلات ظاهر شده و بسیاری از مردم آنجا به هلاکت رسیدند»، حاکی از آن است که در کلات مشهد بیماری طاعون سبب تلفات سنگین شده است. در منابع دوره تیموری مانند روضه الصفا، روضات الجنات، حبیب السیر، احسن التواریخ و مطلع سعدین به کرات به وقوع طاعون در شهرهای هرات، شیراز و تبریز اشاره شده است.

علاوه بر ناامنی و وقوع جنگ ها در داخل ایران که همواره سبب بروز قحطی و بیماری می شدند، واقع شدن بخش قابل توجهی از جاده ابریشم در خاک ایران گاه سبب می شد تا بیماری های واگیردار از سایر نقاط حتی شرق دور و اروپا به کشور ما ایران منتقل شوند. گزارش های مربوط به طاعون جهانگیر (پاندمیک) در سال های 877- 747ه.ق / 1473-1346م که آسیا و اروپا را در بر گرفت، حاملان آن موش های صحرایی و هیات های تجاری، سیاسی و مذهبی بوده اند. در دوره های بعدی تا زمان قاجار به سبب کشف راه های دریایی و زیاده خواهی سیاسی و اقتصادی دول اروپایی رفت و آمد خارجی ها به ایران بالا گرفت. در زمان حکومت دودمان صفوی ایران چندین بار گرفتار طاعون شد.

در یک مورد استان گیلان، شهرهای تبریز، قزوین و اردبیل را در برگرفت و در قزوین و اردبیل حدود 30 هزار کشته برجای گذاشت. در دوران حکومت شاه عباس، شیوع همزمان وبا و طاعون از قزوین آغاز و به شهرهای ابهر، طارم، خلخال، زنجان، آذربایجان و گیلان تسری یافت. در قزوین 20 هزار نفر مردند. بعد از اشغال اصفهان و سقوط صفویان به دست افغان ها درسال 1727 .م طاعون در گیلان شیوع یافت. در 1731 نیز این بیماری جان حدود 20 هزار نفر را در همدان و مناطق غرب ایران گرفت.

روی کار آمدن قاجارها در ایران برآمدی از جنگ های داخلی در ایران بود که آقا محمد خان قاجار طی درگیری های شدید با رقبا توانست دودمان قاجار را در ایران به قدرت برساند، کمی بعد وقوع جنگ های ایران و روس و آسیب دیدن ارتش و مردم ایران در این جنگ ها جملگی سبب بروز بیماری های واگیردار در جامعه شد. وقوع حادثه مهلک و مرگبار طاعون از اواخر 1246 ه.ق تا اواسط 1247ه.ق طیف جغرافیایی وسیعی از ایران و عراق را در بر گرفت و سبب کشتار مردم شد.

به نظر می آید بروز بیماری واگیردار اعم از وبا، طاعون، سل و... به سبب ناکارآمدی های طب سنتی و نبود امکان دفن اجساد رواج و گسترش می یافتند. «یاسنت لویی رابینو» نماینده سیاسی انگلستان در استان گیلان در کتاب ولایات دارالمرز گیلان می نویسد: «در حدود 1830 1831.م طاعون در گیلان شیوع یافت و طی چند هفته نصف جمعیت رشت که بالغ بر چهل هزار نفر می شدند هلاک شدند و بقیه به هر طرف که پیش آمد گریختند. در مدت کوتاهی جز تعدادی از اجساد مردگان در رشت چیزی باقی نماند و این شهر به صورت شهری مرده درآمد و دیگر کسی در آنجا دیده نمی شد.

آنهایی که دچار طاعون بودند تنها می ماندند و خویشان و دوستان شان آنها را رها می کردند و بالاخره در فقدان وسیله از دنیا می رفتند. هنگامی که ساکنان رشت نزد آنها بازگشتند، این بیماری دامنگیرشان شد و به این ترتیب جمعیت رشت به هشت هزار نفر تقلیل یافت.»

همین طور در ادامه به تاثیر بیماری واگیردار طاعون در جابه جایی های اجتماعی و اقتصادی می پردازد و می گوید: «پول صاحبان تازه ای پیدا کرد. بعضی که ثروتمند بودند گرفتار فقر شدند. ثروت و تجملات و اثاثه آنها را همسایگان برداشتند و بعضی که اقوام ثروتمندی را از دست داده بودند به ثروت رسیدند.» (13) در سال 1246 در تبریز وبا و طاعون و در سال 1287 ه.ق در سقز و بانه کردستان طاعون جان بسیاری را گرفت. این گزارش ها بیانگر نبود درمان و تدابیر جامع کفن و دفن در تاریخ اجتماعی ایران هستند که با وقوع این وقایع موقعیت مالی بسیاری از افراد و خانواده ها دگرگون می شد. چه بسا این حوادث سبب شکل گیری دغدغه های قشر روشنفکر ایرانی در دوره قاجار مبنی بر ترقی علمی در بخش درمان و طبابت شد.

بعد از وقوع انقلاب مشروطه اقدام های ارزشمندی در اواخر دوره قاجار به منظور بهینه سازی بخش پیشگیری و درمان صورت گرفت، به گونه ای که انستیتو پاستور ایران به سال 1299 ه.ش برپا شد. با روی کار آمدن پهلوی اول رئیس صحیه مملکتی که زیرنظر وزارت داخله فعالیت داشت، به سال 1311ه.ش پیشنهادهایی برای مهار سل مطرح و اعلام کرد که تنها راه پیشگیری از این بیماری تزریق واکسن ب.ث.ژ در دهمین روز تولد نوزاد است و تزریق آن باید در یک سالگی و دو سالگی تکرار شود، حتی توصیه کرد در انستیتو پاستور ایران بخش تهیه واکسن ب.ث.ژ تاسیس شود.

درباره اجرای سراسری چنین پیشنهادهایی در آن زمان سند و مدرکی در دسترس نیست. اما پس از ورود مفاهیم نوین علمی به پزشکی ایران، به تدریج پزشکان ایرانی در صدد مبارزه با سل بر آمدند که دکتر سیاوش شقاقی، دکتر مسیح دانشوری، دکتر صادق پیروز عزیزی، دکتر محمدعلی نشرودی و دکتر مهدی قدسی از پیشاهنگان مبارزه با بیماری های واگیردار از جمله سل در ایران هستند.