کمیسیون عالی سوانح با بررسی دقیق تر سانحه خروج قطار مشهد - یزد از ریل، 6 عامل از جمله سرعت غیرمجاز و قصور لکوموتیوران را مقصر اصلی این حادثه معرفی کرد.

در اطلاعیه شماره 2 کمیسیون عالی سوانح، گزارش تکمیلی علت حادثه چنین آمده است: تجزیه و تحلیل مستندات و اطلاعات به دست آمده از محل حادثه حاکی از رعایت نکردن سرعت مجاز در مسیر قطار مسافری در محل سانحه، انسداد غیرمجاز مسیر حرکت قطار مسافری توسط بیل مکانیکی و رعایت نشدن مقررات ایمنی در محل عملیات تعویض تراورس به عنوان عوامل اصلی وقوع سانحه است. همچنین در این خصوص عوامل دیگری نیز وجود داشت که به شرح زیر است:

 رعایت نکردن سرعت مجاز توسط راهبران قطار مسافری، انسداد غیرمجاز مسیر حرکت قطار مسافری توسط بیل مکانیکی، واگذاری مسئولیت راهبری قطار به کمک لکوموتیوران بر خلاف مقررات عمومی سیر و حرکت توسط لکوموتیوران، اعلام اتمام عملیات تعویض تراورس و برچیدن ایستگاه موقت قبل از جمع آوری ادوات و تجهیزات از روی خط آهن توسط سرپرست عملیات و مسئول ایستگاه موقت، بی توجهی راهبران قطار به تابلوهای هشداردهنده (تابلوهای تقلیل سرعت) و یادآوری نکردن تقلیل سرعت 15کیلومتر بر ساعت از سوی مسئول ایستگاه عباس آباد.کمیسیون عالی سوانح پیشنهاد می کند به منظور جلوگیری از تکرار سوانح و به حداقل رساندن خطای نیروی انسانی، نسبت به استفاده از تجهیزات ایمنی و نظارتی هوشمند، اصلاح ساختار نظارت بر ایمنی شبکه ریلی تکمیل کادر نظارت مناطق، ارتقای سطح آموزش و اصلاح ساختار نظارت بر عملیات اجرایی با عنایت به برون سپاری فعالیت ها اقدام شود.