به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

تنها با پرداخت 70 هزارتومان حق اشتراک سالانه به متن مقالات دسترسی داشته باشید و 100 مقاله را بدون هزینه دیگری دریافت کنید.

برای پرداخت حق اشتراک اگر عضو هستید وارد شوید در غیر این صورت حساب کاربری جدید ایجاد کنید

عضویت
فهرست مطالب نویسنده:

رستم عبدالهی آرپناهی

  • فرزاد غفوری*، مصطفی صادقی، ابوالفضل بهرامی، رستم عبدالهی آرپناهی، آرش جوانمرد، سید رضا میرائی آشتیانی
    انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژن های موثر در حفظ باروری به ویژه اوایل دوره آبستنی است. در تجزیه داده های RNA-Seq برای مقایسه بیان ژنی، 4538 ژن استخراج شد که در مجموع 1466 ژن تفاوت بیانی معنی داری نشان دادند (P<0.000001, Fold change<0.5). سپس با مقایسه ژن های مربوطه در میان پروفایل های ترانسکریپتوم، ژن های مشترک بین بافت آندومتریوم (روزهای هفت و 13 چرخه فحلی) و جسم زرد (در روز 13 چرخه فحلی) شامل ژن های SYNM، PARM1، NXPE2، NT5DC3، COL4A3، COL12A1، ALPK3، ADAMDEC1، SERPINA14، S100A9، PI16، OAS1X، MSTN، MASP1، CD83، CA2، C2، C5، JSP.1 و SAA3 مشخص شدند. بررسی نتایج حاشیه نویسی این ژن ها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حمل و نقل یونی، التهاب، عملکرد سیستم ایمنی بدن و ساختار ماتریس سلولی دارای نقش می باشند. پژوهش حاضر می تواند بینش جدیدی از شواهد مولکولی در راستای سازوکارهای زیستی پروفایل ترانسکریپتوم در محیط رحم و بیومارکرهای مرتبط با باروری در گاوهای شیری ارایه دهد.
    کلید واژگان: آندومتریوم، باروری، ترانسکریپتوم، جسم زرد، گاوهای هلشتاین‏
    Farzad Ghafouri *, Mostafa Sadeghi, Abolfazl Bahrami, Rostam Abdollahi-Arpanahi, Arash Javanmard, Seyed Reza Miraei-Ashtiani
    Genetic selection for increasing milk production and economic profitability in the dairy industry has been associated with reduction in reproductive performance, including lower embryo survival and pregnancy loss. The main purpose of this study was to use the transcriptome profiles of endometrial tissue and Corpus luteum of two groups of high and low fertility Holstein dairy cows to identify genes that are effective in reproductive rate, especially in early pregnancy. By the analysis of RNA-Seq data to express the gene differences, 4538 genes were extracted, which a total of 1466 genes showed significant expression differences (P<0.000001, Fold change<0.5). Then, by comparing the relevant genes among transcriptome profiles, common genes between endometrial tissue (on days 7 and 13 of the estrous cycle) and Corpus luteum (on day 13 of the estrous cycle) including SYNM, PARM1, NXPE2, NT5DC3, COL4A3, COL12A1, ALPK3, ADAMDEC1, SERPINA14, S100A9, PI16, OAS1X, MSTN, MASP1, CD83, CA2, C2, C5, JSP.1 and SAA3 were identified. Annotation results of these genes indicated that they have a role in the main process of metabolic and signaling pathways related to the ion transport system, inflammation, immune system function, and cell-matrix structure. Overall, the present study can provide new insights into the molecular evidence for the biological mechanisms of transcriptome profiling in the uterine environment and biomarkers related to fertility in dairy cows.
    Keywords: corpus luteum, Endometrium, fertility, Holstein cows, Transcriptome‎
  • مجتبی تمدنی آرانی، محمد رزم کبیر*، رستم عبدالهی آرپناهی، امیر رشیدی، زانیار مرادی

    هدف از این پژوهش، مقایسه روش های مختلف ارزیابی ژنومی با استفاده از معیارهای همبستگی (ρ)، رگرسیون (β)، میانگین مربعات خطا (MSE) و اثربخشی انتخاب (SE) بود. به این منظور، نه سناریوی متفاوت بر اساس سطوح مختلف وراثت پذیری (1/0، 3/0 و 5/0) و تعداد متفاوت QTL (20،  200 و 1000) طراحی شد. برای شبیه سازی سناریوهای مختلف، پنج نسل با اندازه 1000 حیوان شبیه سازی شد، که دو نسل نخست به عنوان جمعیت مرجع و سه نسل بعدی به عنوان جمعیت تایید در نظر گرفته شد. برای هر حیوان، ژنومی به طول 500 سانتی مورگان با تراکم نشانگری 10000 SNP متشکل از پنج کروموزوم شبیه سازی شد. پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی با سه روش آماری GBLUP، Bayes A و Bayes B انجام شد. نتایج حاصل نشان داد با افزایش فاصله نسل از جمعیت مرجع، صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برای هر سه روش آماری کاهش می یابد، هر چند روش های بیزی از نظر تداوم صحت، عملکرد بهتری داشتند. بر اساس معیارهای همبستگی، رگرسیون و اثربخشی انتخاب، با افزایش سطوح وراثت پذیری بهبود صحت مشاهده شد، اما معیار میانگین مربعات خطا روند معکوسی را نشان داد. در روش های بیزی، تعداد پایین QTL دارای عملکرد بهتری بودند، اما در تعداد بالای QTL، تفاوت روش های مختلف ارزیابی ژنومی به کمترین میزان رسید. نتایج اثربخشی انتخاب در مقایسه با صحت ارزش اصلاحی ژنومی نشان داد که صحت همیشه نمی تواند معیار مناسبی برای تعیین روش برتر ارزیابی ژنومی باشد.

    کلید واژگان: ارزش اصلاحی ژنومی، رتبه بندی، روش های بیزی، صحت، ضریب رگرسیون
    M. Tamaddoni-Arani, M. Razmkabir *, R. Abdollahi Arpanahi, A. Rashidi, Z. Moradi

    This study aimed to compare different methods of genomic evaluation using the criteria of correlation (ρ), regression (β), mean square error (MSE), and selection effectiveness (SE). For this purpose, nine different scenarios were designed based on different levels of heritability (0.1, 0.3, and 0.5) and different numbers of QTLs (20, 200, and 1000). To simulate different scenarios, five generations with a size of 1000 animals were simulated, of which the first two generations were considered as the reference population and the next three generations as the validation population. For each animal, a genome of 500 centimorgans with a marker density of 10000 SNP consisting of five chromosomes was simulated. Genomic breeding values were predicted using three statistical methods GBLUP, Bayes A, and Bayes B. The results showed that with increasing generation interval from the reference population, the accuracy of genomic breeding values decreased for three statistical methods, although Bayesian methods performed better in terms of continuity of accuracy. Based on the criteria of correlation, regression, and selection effectiveness, with increasing the levels of heritability, improved accuracy was observed, but the criterion of mean squares error showed the opposite trend. Bayesian methods performed better in low QTLs, but differences in different genomic evaluation methods were minimized in high QTLs. The results of selection effectiveness in comparison with the accuracy of genomic breeding value showed that accuracy can’t always be a suitable criterion for determining the superior method of genomic evaluation.

    Keywords: Genomic breeding value, Ranking, Bayesian methods, accuracy, Regression coefficient
  • بهروز محمدنظری، اردشیر نجاتی جوارمی*، محمد مرادی شهربابک، رستم عبدالهی آرپناهی
    به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه به ترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این داده ها طی سال های 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور استخراج گردید. جهت در نظر گرفتن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط از متوسط شاخص دما-رطوبت نسبی (THI) طی سه روز قبل از روز رکوردگیری، به عنوان عوامل محیطی با خصوصیت پیوسته، مربوط به 35 ایستگاه هواشناسی در مجاورت 139 گله گاو هلشتاین با رکورد روز آزمون از 13 استان استفاده شد. مولفه های (کو)واریانس از طریق مدل تابعیت تصادفی یک صفته با استفاده از نرم افزار AIREMLF90 و در تابع لژاندر مرتبه دو برای روزهای شیردهی و THI، برآورد گردید. نتایج نشان داد تغییر THI طی دوره شیردهی، منجر به تغییر مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی می شود. تغییرات وراثت پذیری صفات تولید شیر در طول دوره شیردهی نیز مشابه واریانس ژنتیکی افزایشی بود. آنالیز اعتبار سنجی برای مقایسه صحت پیش بینی شده در مدل هایی با و بدون THI منجر به افزایش صحت با قراردادن اطلاعات ژنومی و بهبود نااریبی با وجود THI در مدل می شود. با توجه به تغییر عملکرد دختران گاوهای نر طی روزهای شیردهی و با مقادیر مختلف THI، برای انتخاب گاونر در شرایط مختلف باید اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در نظر گرفته شود.
    کلید واژگان: ارزیابی ژنومی، اعتبارسنجی، شاخص دما-رطوبت، گاوشیری، مدل تابعیت تصادفی
    Behrouz Mohammad Nazari, Ardeshir Nejati Javaremi *, Mohammad Moradi Shahre Babak, Rostam Abdolahiarpanahi
    In order to evaluate the effect of genotype by environment interaction on production traits of Holstein cattle of Iran, first lactation test day records of 344170, 135000 and 156840 of milk, fat and protein yield on 34417, 13500 and 15684 cows and SNP markers of 1935 genotyped bulls were used. The production data were retrieved from the Animal Breeding Center and Productions Improvement of Iran’s database which were collected from 2013 to 2018. To consider the interaction of genotype and environment, mean of temperature-humidity index (THI) in three days before each test day records as continuous environmental effect were retrieved from the 35 closest meteorological stations in the vicinity of 139 Holstein herds from 13 provinces. Variance and covariance components were estimated through a single-trait random regression model with orthogonal Legendre polynomials of second order for days in milk and THI using AIREMLF90 software. The results showed that changes in THI across lactation led tofluctuations in additive genetic variance over time. The change in heritability of milk production traits over lactation followed the same trend as additive genetic variance. The results from cross-validation analysis showed that including genomic information into the predictive model, increased prediction accuracy and including THI information increased unbiasedness. Due to the changes in milk production of daughters of bulls across days and THI , genotype by environment interaction should be considered when selecting bulls under different conditions.
    Keywords: cross-validation, Dairy cattle, Genomic Evaluation, random regression model, Temperature-humidity index
  • بابک عنایتی، امیر رشیدی*، رستم عبدالهی آرپناهی، محمد رزم کبیر
    هدف از این مطالعه مقایسه سه برنامه انتخاب و دو ویژگی پیش بینی ارزش های اصلاحی در مرغ های بومی ایران به کمک شبیه سازی رایانه ای بود. صفات شبیه سازی شده شامل اوزان بدن در زمان تولد (BW1)، هشت هفتگی (BW8)، دوازده هفتگی (BW12) و بلوغ جنسی (BWM)، سن در زمان اولین تخم گذاری (AFL)، وزن اولین تخم مرغ (EWM)، میانگین وزن تخم مرغ (EW) و تعداد تخم مرغ (EN) بود. اولین برنامه شامل انتخاب خروس ها بر اساس ارزش اصلاحی BW12 و انتخاب مرغ ها بر اساس شاخص انتخاب با چهار صفت BW12، AFL، EW و EN بود. در دومین برنامه، همه خروس ها و مرغ ها بر اساس شاخص بیان شده قبلی، انتخاب شدند. ولی در سومین برنامه، خروس ها بر اساس ارزش اصلاحی BW12 و مرغ ها بر اساس ارزش اصلاحی EN  انتخاب شدند. ارزش های اصلاحی افراد در سه برنامه اشاره شده به کمک دو ویژگی BLUP و ssGBLUP پیش بینی شدند. تلاقی ها بر اساس نسبت مشارکت بهینه انجام شد. نتایج حاصل نشان داد برآوردهای ارزش اقتصادی کل سه برنامه اول، دوم و سوم به ترتیب در روش ssGBLUP برابر با 450، 460 و 421  و در روش BLUP برابر با 434، 349 و 418 بود. ضریب همخونی حاصل از برآوردهای ssGBLUP نسبت به برآوردهای BLUP بیشتر بود (در سه برنامه به ترتیب 083/0، 287/0 و 046/0 در برابر  072/0، 116/0 و 024/0). نتایج حاصل نشان داد برنامه اول برای ایجاد گله مادر جوجه های گوشتی، برنامه دوم برای ایجاد گله ای دومنظوره برای تولید تخم مرغ و گوشت و برنامه سوم برای ایجاد گله ای با بیشترین ارزش اقتصادی کل و با حداقل افزایش همخونی مناسب بودند.
    کلید واژگان: ارزش اقتصادی کل، راهبرد انتخاب، شاخص انتخاب، ضریب همخونی حقیقی
    B. Enayati, A. Rashidi *, R. Abdollahi-Arpanahi, M. Razmkabir
    The aim of this study was to compare three selection strategies and two properties of breeding value estimations using computer simulation. Simulated traits were weights at birth (BW1), eight weeks (BW8), twelve weeks (BW12), maturation (BWM) and also age at first laying (AFL), weight of first egg (EWM), average egg weight (EW) and egg number (EN). The first strategy was to select cockerels based on breeding value of BW12 and selection of hens based on a selection index with four traits including BW12, AFL, EW and EN. In the second strategy, cockerels and hens were selected using a selection index, as already said. But in the third strategy, cockerels were selected based on breeding value of BW12 and hens based on breeding value of EN. The individual's breeding values for three schemes were estimated by BLUP and ssGBLUP. Matings were performed based on the optimal genetic contribution. The results showed that the total economic values of the first and second programs using ssGBLUP estimations were 450, 460 and 421, and using BLUP were 434, 349 and 418, respectively. The rate of true inbreeding coefficient for ssGBLUP estimations were more than BLUP estimations (0.083, 0.287 and 0.046 vs. 0.072, 0.116 and 0.024, respectively). The results showed that the first strategy for a breeding flock of broiler production, the second strategy for a dual-purpose flock for producing egg and meat and the third strategy for a flock to achieve the highest total economic value with the lowest possible rate of true inbreeding were desirable.
    Keywords: total economic value, selection strategy, selection index, True inbreeding coefficient
  • بهزاد رجبی مرند، حسین مرادی شهربابک*، مصطفی صادقی، رستم عبدالهی آرپناهی
    هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزش های اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوک های هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشه هایی با تراکم های مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار گرفت. صحت ارزش های اصلاحی بدست آمده هنگام استفاده از SNPها حاکی از برتری بیز B نسبت به GBLUP بود، به طوری که برای صفت تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی صحت ارزیابی ها با استفاده از GBLUP به ترتیب برابر 54/3 و 43/7 درصد و برای روش بیز Bبه ترتیب برابر 57/7 و 44/2 درصد بود. برای صفت تولید شیر، صحت پیش بینی های حاصل با استفاده از بلوک های هاپلوتایپی در هر دو روش آماری، بالاتر از صحت حاصل هنگام استفاده از SNPها بود در حالی که برای صفت امتیاز سلول های بدنی، این افزایش صحت، زمانی که از روش آماری GBLUP استفاده شد مشهود بود ولی هنگام استفاده از روش بیز B این برتری تنها زمانی بدست آمد که مقدار آماره 2r مورد استفاده برای تشکیل بلوک ها بالاتر از 0/2 بود. نتایج نشان داد که سطح بهینه آماره2r برای تشکیل بلوک های هاپلوتایپی بستگی به نوع صفت و وراثت پذیری آن دارد ولی در مجموع، استفاده از آماره2r بیشتر از0/2جهت تشکیل بلوک های هاپلوتایپی، می تواند منجر به افزایش صحت ارزش های اصلاحی ژنومی در هر دو صفت در مقایسه با استفاده از SNPها شود.
    کلید واژگان: انتخاب ژنومی، بلوک های هاپلوتایپی مبتنی بر LD، صحت پیش بینی، عدم تعادل پیوستگی، نشانگرهای SNP
    Behzad Rajabi Marand, Hossein Moradi Shahrbabak *, Mostafa Sadeghi, Rostam Abdolahiarpanahi
    The aim of current study was to evaluate the accuracy of genomic breeding values (GEBV) for two important economical traits of milk yield and somatic cell score using SNP markers and LD-based haplotype blocks (haploblocks) by two statistical methods of GBULP and Bayes B. The data set consisted of 1654 bulls genotyped with different marker densities. When SNPs were used, the accuracy of breeding values obtained by Bayes B was better than GBLUP. In other words, for milk yield and somatic cell score traits, the prediction accuracy of GBLUP was 0.54 and 0.44 and by Bayes B was 0.58 and 0.44,respectively. For milk yield, the prediction accuracy of using haploblocks in both statistical methods was higher than the prediction accuracy using SNPs, while for the somatic cell score, this increase was more pronounced when GBLUP was used. However, when Bayes B was used this superiority was only obtained when the r2 statistic used to build the haploblocks was higher than 0.2. The results showed that the optimum level of r2 for building haploblocks depends on the trait type and its heritability. As a result, using r2 statistic more than 0.2 for building haploblocks can increase the accuracy of breeding valuesfoe both traits compared to SNP markers.
    Keywords: Genomic Selection, LD-based haplotype blocks, Linkage Disequilibrium, Prediction Accuracy, SNP Markers
  • میثم لطیفی، امیر رشیدی*، رستم عبدالهی آرپناهی، محمد رزم کبیر

    هدف از این مطالعه مقایسه استراتژی های انتقال ژن و سنتز نژاد در بهبود صفت چندقلوزایی با استفاده از شبیه سازی در گوسفند بود. برای این منظور صفتی با وراثت پذیری 1/0، متشکل از دو کروموزوم شبیه سازی شد. در کروموزوم اول، یک QTL به عنوان ژن عمده شبیه سازی شد که 40 درصد از واریانس ژنتیکی کل را به خود اختصاص داد. اثرات آلل های مطلوب و نامطلوب برای QTL مورد نظر پس از هفت نسل به ترتیب در دو نژاد A و B تثبیت شد. در ادامه با دو روش سنتی (Classical) و انتخاب به کمک ژن با روش سنتی (GasClassical) استراتژی انتقال ژن و سنتز نژاد مورد مقایسه قرار گرفت. پیشرفت ژنتیکی در دو استراتژی انتقال ژن و سنتز نژاد با روش GasClassical در مقایسه با روش Classical  به ترتیب 39 و 16 درصد بیشتر بود. میانگین ضریب هم‎خونی در نسل پنجم با روش Classical وGasClassical  به ترتیب در استراتژی انتقال ژن 049/0 و 037/0 و در استراتژی سنتز نژاد 011/0 و 008/0 بودند. نتایج این مطالعه نشان داد روش GasClassical در مقایسه با روش Classical منجر به افزایش فراوانی آلل مطلوب (ژن عمده) و پیشرفت ژنتیکی در هر دو استراتژی انتقال ژن و سنتز نژاد می شود. با این وجود پیشرفت ژنتیکی به ازای یک درصد افزایش هم‎خونی در استراتژی سنتز نژاد نسبت به انتقال ژن بیشتر بود. در نتیجه استراتژی سنتز نژاد از نظر عملکرد بهتر بود.

    کلید واژگان: انتقال ژن، سنتز نژاد، ژن عمده، پیشرفت ژنتیکی
    Meysam Latifi, Amir Rashidi*, Rostam Abdollahi Arpanahi, Mohammad Razmkabir

    The objective of this study was to compare introgression and synthetic breed strategies for litter size trait improvement in sheep using computer simulation. For this purpose, a trait with heritability of 0.1, consisting of two chromosomes was simulated. On chromosome 1, a single QTL as the major gene was created that accounted for 40% of the total genetic variance. The effect of favorable and unfavorable alleles for the QTL was fixed after seven generations in both A and B breeds, respectively. The introgression and synthetic breed strategies were compared using Classical and Classical with gene-assisted selection (GasClassical) methods. The genetic gain in introgression and synthetic breed strategies using GasClassical method was 39% and 16% higher than that of Classical method, respectively. The mean of inbreeding coefficient in the fifth generation in introgression strategy was 0.049 and 0.077 using the Classical and GasClassical methods, respectively, and in synthetic breed strategy was 0.11 and 0.008, respectively. The results of this study showed that the GasClassical method in comparison with the Classical method led to an increasing frequency of favorable allele (major gene) and genetic gain in both introgression and synthetic breed strategies. However, the genetic gain for one percent increase in inbreeding in the synthetic breed strategy was greater than that of introgression strategy, and as a result, the synthetic breed strategy performs better than introgression strategy.

    Keywords: Genetic Gain, Introgression, Major gene, Synthetic Breed
  • سید مهدی اسماعیلی فرد، سید حسن حافظیان*، محسن قلی زاده، رستم عبدالهی آرپناهی
    گوسفند بلوچی یکی از نژادهای بومی ایران است که از شرق کشور منشا گرفته و با شرایط آب و هوایی آن منطقه سازگار شده است. بازده اقتصادی اصلاح نژاد گوسفند به طور واضحی با بازده تولیدمثل میش ها مرتبط است. در این پژوهش، صفت دوقلوزایی به عنوان یک صفت تولیدمثلی مهم مورد بررسی قرار گرفت. جهت انجام این پژوهش از داده های ژنوتیپی 91 راس میش بلوچی که با استفاده از ریزآرایه گوسفندی 50k شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شده بودند، جهت پویش ژنوم و شناسایی ژن های مرتبط با دوقلوزایی استفاده شد. بدین منظور از مدل تکرارپذیری تعمیم یافته استفاده شد. در مرحله بعد، از تجزیه غنی سازی مجموعه های ژنی جهت شناسایی طبقات عملکردی مرتبط با دوقلوزایی استفاده شد. در این پژوهش تعداد شش نشانگر SNP واقع بر کروموزوم های 1، 3، 10، 15 و 25 شناسایی شدند که با ژن های CTH، ANKRD13C، SRSF11، PTGER3، LDHB، LRRC40 و KCNMA1 مرتبط بودند. همچنین در تجزیه غنی سازی مجموعه های ژنی، تعداد 25 مسیر با صفت دوقلوزایی مرتبط بودند (P<0.01). از این میان، مسیر defense response نقش مهمی در فرآیند تخمک ریزی دارد. عمده پروتئین های این مسیر، اینترفرون ها و اینترلوکین ها هستند که با ایجاد فرآیندی مشابه التهاب سبب رهاسازی تخمک در اویداکت می شوند. مسیرهای مربوط به چسبندگی سلولی مانند cell adhesion و مسیرهای ارتباط سلولی مانند intercellular bridge و cell junction از دیگر مسیرهای معنی دار بودند. مسیر cell junction به واسطه پروتئین کانکسین CX43 سبب انتقال اثر GDF9 به سلول های گرانولوزا می شود. نتیجه این پژوهش اولین گزارش از اثر غیر مستقیم GDF9 بر صفت دوقلوزایی در گوسفندان ایرانی است.
    کلید واژگان: دوقلوزایی، گوسفند بلوچی، SNP، GSEA-SNP، GWAS
    S. M. Esmaeili Fard, S. H. Hafezian *, M. Gholizadeh, R. Abdolahi Arpanahi
    Baluchi sheep is one ofthe indigenous sheep breeds originating from the eastern part of Iran and it isadapted to the severe weather conditions. The economic efficiency of sheepbreeding is clearly related to the reproduction efficiency of the ewes. In thisstudy, twinning trait was studied as an important reproductive trait. Toidentify the genes associated with twinning trait, genome-wide association wasdone using 91 Baluchi ewes genotyped with 50k Illumina SNP chips. For thispurpose, the extended repeatability model was used. In the next step, a geneset enrichment analysis was implemented to identify the biological pathwaysassociated with the twinning. Six SNP markers on chromosomes 1, 3, 10, 15 and25 located in CTH, ANKRD13C, SRSF11, PTGER3, LDHB, LRRC40, and KCNMA1 geneswere identified. According to pathway analysis, 25 pathways were associatedwith the twinning trait. Among those pathways, the defense response biologicalpathway has an important role in the ovulation. Interferons and interleukinsare the main cytokine proteins in this pathway. These cytokines create aprocess such as inflammation that causes oocytes releasefrom the follicle into the oviductfor transport and fertilization. Cell adhesion andintercellular bridge pathways were other significant pathways. Cell junction pathwayvia the CX43 protein can affect the transfer of GDF9 effects togranulosa cells. To the best of our knowledge, this is the first study thatreports indirect effects of GDF9 on twinning trait in Iranian sheep.
    Keywords: Twinning, Baluchi sheep, SNP, GSEA-SNP, GWAS
  • محمد رزم کبیر*، فرید فتحی، رستم عبدالهی آرپناهی
    وجود شجره کامل به عنوان یکی از فرضیات ارزیابی ژنتیکی حیوانات با معادلات مختلط است. در این پژوهش، با هدف تاثیر روابط خویشاوندی بر ارزیابی ژنتیکی، از اطلاعات شجره و تولید 100 گله بزرگ گاو شیری تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد دام ایران استفاده شد. داده ها مربوط به 302860 راس گاو در دوره اول شیردهی بودند که شجره کامل این حیوانات توسط نرم افزار DMUTrace ردیابی و استخراج شد. به منظور اعمال خطا و نقص در شجره، به کمک برنامه R و به طور تصادفی سطوح 4، 8، 12، 16، 20، 24 درصد از مشخصات ثبت شده پدران حذف و یا با اطلاعات سایر پدرها جابجا شد. هر کدام از سناریوها پنج مرتبه تکرار و با نرم افزار DMU آنالیز شدند. تاثیر میزان کامل بودن شجره بر رتبه بندی حیوانات بر اساس معیار همبستگی رتبه ای و در چهار سطح %1، %5، %10 و 20% از نرهای برتر، با استفاده از نرم افزار SAS برآورد شد. وراثت پذیری با شجره کامل 29/0 و در شجره های دارای نقص و خطا به ترتیب به 26/0 و 27/0 برآورد شد. در سطح 12 درصد و برای 1000 دام برتر، همبستگی رتبه ای شجره کامل با شجره دارای خطا 60/0 و با شجره ناقص 65/0 بود (01/0P<). با افزایش خطا و نقص، اثربخشی انتخاب به عنوان معیار نرخ اشتراک حیوانات برتر در سناریوهای مختلف، روند نزولی داشت. نتایج نشان دهنده اثرات نامطلوب شجره ناکامل و دارای خطا بر ارزیابی ژنتیکی و پیامد آن ایجاد اریبی در رتبه بندی حیوانات است.
    کلید واژگان: اثربخشی انتخاب، خطا در شجره، شجره ناکامل، ماتریس روابط خویشاوندی، همبستگی رتبه ای
    Mohammad Razmkabir *, Farid Fathi, Rostam Abdollahi, Arpanahi
    Genetic evaluations are computed to assess the genetic merit of animals based on mixed model equations. An important assumption for setting up these equations is that all genetic relationships among animals are available and correct. The objectives of the present study were to estimate the effects of incomplete pedigree and paternity errors on genetic evaluation. Data and pedigree of 100 dairy herds were obtained from Animal Breeding Center of Iran. Final data edited included milk yield records from 302860 first lactation Holstein cows. DMU Trace program was used for tracing ancestors and creating the full pedigree of animals. To simulate incomplete and wrong pedigrees, different scenarios including 8, 12, 16, 20, 24 percent of paternal identification numbers were removed or replaced using R program. Breeding values for milk yield was predicted by animal model using DMU program. Spearman's rank correlation was estimated for superior animals in different scenarios using SAS software. Estimates of heritability for full, incomplete and wrong pedigrees were 0.29, 0.26 and 0.27, respectively. The results showed a high variation in ranking of animals and determination of superior animals (P<0.01). As an example, at 12% level scenario, Spearman's rank correlation of BVs predicted from full pedigree with incomplete and wrong pedigrees were 0.65 and 0.60, respectively. Selection effectiveness, defined as the ratio of common superior animals in alternative scenarios, was decreased by increasing the rate of misidentification and errors (P<0.01). Incorrect pedigree and misidentification of animals could reduce accuracy of breeding values and consequently bias in animals ranking.
    Keywords: Parentage misidentification, pedigree errors, rank correlation, relationship matrix, selection effectiveness
  • علی اشرافیان *، ناصر امام جمعه کاشان، رستم عبدالهی آرپناهی، محمد باقر صیادنژاد
    به منظور تعیین تعداد رکورد روز آزمون مناسب برای آزمون نتاج گاوهای نر هلشتاین از 732140 رکورد روز آزمون تولید شیر زایش اول مربوط به 73214 راس گاو شیری از 62 گله طی سال های 1371 الی 1395 که توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع آوری شده بود، استفاده شد. همبستگی پیش بینی ارزش ارثی (EBV) گاوهای نر با استفاده از 10 رکورد روز آزمون دختران آنها با تعداد متفاوت رکورد روز آزمون، مقایسه شد. همبستگی EBV گاوهای نر هلشتاین در حالت استفاده از 10 رکورد روز آزمون از هر گاو شیری با EBV حاصل از تعداد رکورد روز آزمون زوج، فرد، (دوم، سوم، دهم) ، (دوم، پنجم، هفتم) و (دوم، ششم) به ترتیب 99/0، 98/0، 98/0، 97/0 و 94/0 برآورد شد. نتایج نشان داد در ارزیابی ژنتیکی گاو های نر هلشتاین با استفاده از مدل رگرسیون تصادفی می توان برای کاهش هزینه رکوردگیری، کاهش حجم فایل اطلاعات و کم کردن فاصله نسل فقط از رکوردهای روز آزمون دوم، پنجم و هفتم به جای 10 رکورد روز آزمون استفاده نمود.
    کلید واژگان: آزمون نتاج، ارزش ارثی، فاصله نسل، گاو شیری، هلشتاین
    ali ashrafian *, nasser emam jomeh kashan, Rostam AbdolahiArpanahi, Mohammad Bagher Sayyadnejad
    In order to determine the optimum number of test-day records for the progeny test program of Holstein bulls, 732,140 milk yield test-day were used. These milk yield test-days, which were related to 73,214 first parity dairy cows belonging to 62 herds, had been collected by the Animal Breeding Center of Iran from 1992 to 2016. The correlation of predicted breeding value (EBV) of bulls from ten test-day of their daughters compared with EBV predicted from different number of recorded test-days. The Correlation of predicted EBV from ten test-days with EBV from even, odd, (second, fifth, seventh), (second, fifth, tenth) and (second, sixth) test-day records were estimated to be 0.99, 0.98, 0.98, 0.97 and 0.94 respectively. The results showed that to reduce cost of recording, number of records and generation interval in EBV prediction of bulls with random regression model it is possible to use only second, fifth and seventh test-days instead of ten test-days.
    Keywords: breeding value, Dairy cow, generation interval, Holstein, progeny test
  • محمدحسین فلاحی، حسین مرادی شهربابک *، محمد مرادی شهربابک، رستم عبدالهی آرپناهی
    هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوک های تک جوری (هاپلوتیپی) و اندازه موثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشه های متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان های مورد بررسی و ارزیابی 243 راس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استان های گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت داده های نژادگانی (ژنوتیپی) ، 62141 SNP برای تجزیه وتحلیل ساختار جمعیت، شناسایی ساختار تک جور ها و اندازه موثر جمعیت استفاده شد. بیشترین میانگین نامتعادلی پیوستگی در کل جمعیت در فاصله بین 5/2 کیلو جفت باز تا 5 کیلو جفت باز بین 25/0-29 /0 و کمترین میانگین نامتعادلی پیوستگی (r2) در فاصله 900-1000 کیلو جفت باز بین 014/0-012/0 به دست آمد. مقدار r2 با افزایش فاصله میان جفت SNPها کاهش زیادی نشان داد. در کل نمونه های تجزیه شده، 1693 بلوک مشاهده شد که 11 درصد کل SNPها درون بلوک های تک جوری خوشه بندی شدند و 4/3±202 مگا جفت باز از کل ژنگان اتوزومی را پوشش می دهند. اندازه موثر جمعیت با استفاده از آماره (r2) محاسبه شد. اندازه موثر جمعیت حدود دو نسل پیش نزدیک به 422 برآورد شد.
    کلید واژگان: اندازه موثر جمعیت، بلوک تک جوری، چند شکلی تک نوکلئوتیدی، گاومیش، نامتعادلی پیوستگی
    Mohammad Hossein Fallahi, Hossein Moradi Shahrbabak *, Mohammad Moradi Shahrbabak, Rostam Abdollahi Arpanahi
    The aim of this study was to determine genomewide linkage disequilibrium (LD), Haplotype block and effective population size using the information obtained from 243 Azarbaijani breed buffalo using a high density SNP panel (Axiom® Buffalo Genotyping 90K). After quality control of SNP markers data, 62,141 SNP markers remained for identification of linkage disequiliberum, haplotype blocks and effective population size. LD was measured by the square of the correlation coefficient (r2) between alleles. The maximum LD measured by r2 varied from 0.25 to 0.29 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied from 0.012 to 0.014 at distances ranging from 900 to 1000 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. Overall, 1693 blocks were observed through the genome. Eleven percent of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 202 ±3.4 Mb of the total autosomal genome size. Effective population size (Ne) was estimated based on expected linkage disequilibrium. Ne was estimated to be 422 in our population.
    Keywords: Buffalo, effective population size, haplotype blocks, linkage disequilibrium, SNP
  • حسام عمو پشت مساری*، سید حسن حافظیان، رستم عبدالهی آرپناهی، مرتضی ستایی مختاری، قدرت الله رحیمی میانجی
    برای تجزیه ژنتیکی صفات رشد گوسفند لری بختیاری با مدل های معادلات ساختاری و مدل های چند متغیره استاندارد از داده های فنوتیپی و شجره ای جمع آوری شده طی سال های 1390-1374 در ایستگاه اصلاح نژاد گوسفند لری بختیاری استفاده شد. صفات مورد بررسی شامل وزن تولد، میانگین افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری، وزن شیرگیری، میانگین افزایش وزن روزانه از شیرگیری تا شش ماهگی و وزن شش ماهگی بودند. سه مدل مختلف شامل مدل چند متغیره استاندارد، مدل یک طرفه بر اساس توالی زمانی و مدل یک طرفه کامل در نظر گرفته شد. بر مبنای معیار اطلاعات انحراف (DIC)، مدل یک طرفه بر اساس توالی زمانی دارای بالاترین مطلوبیت بود. در مدل یک طرفه بر اساس توالی زمانی، ضرایب ساختاری بین وزن تولد و میانگین افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری، میانگین افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری و وزن شیرگیری، وزن شیرگیری و میانگین افزایش وزن روزانه از شیرگیری تا شش ماهگی و میانگین افزایش وزن روزانه از شیرگیری و شش ماهگی به ترتیب 343/9، 03/0، 632/10 و 14/0 بدست آمدند. وراثت پذیری مستقیم صفات در مدل های استاندارد و یک طرفه بر اساس توالی زمانی به ترتیب 32/0-29/0، 2/0-22/0، 17/0-18/0، 11/0-11/0 و 16/0-16/0 برآورد شدند. روند ژنتیکی در مدل های استاندارد و یک طرفه بر اساس توالی زمانی نیز برای صفات مورد بررسی به ترتیب 6-23، 7/0- 3، 69- 129، 4/0-2/1 و 110-187 گرم در سال برآورد شدند که معنی دار بودند. تجزیه ژنتیکی صفات رشد ضرورت قرار دادن روابط علی بین صفات به منظور توسعه موثر اصلاح نژاد گوسفند لری بختیاری را نشان می دهد
    کلید واژگان: روند ژنتیکی، صفات رشد، گوسفند لری بختیاری، مدل های معادلات ساختاری
    H. Amou Posht-E Masari*, S. H. Hafezian, R. Abdollahi-Arpanahi, M. Sattaei Mokhtari, Gh. Rahimi Mianji
    In order to estimate genetic parameters and genetic trends of growth traits in Lori Bakhtiari sheep using structural equation models and standard multivariate models, pedigree and phenotypic data which were collected from 1994 to 2011 in Lori Bakhtiari sheep breeding station were used. The studied growth traits included birth weight (BW), average daily gain from birth to weaning (ADG1), weaning weight (WW), average daily gain from weaning to six-month weight (ADG2) and six-month weight (6MW). Three different models including standard multivariate model (SMM), multivariate temporal recursive model (TRM) and multivariate fully recursive model (FRM) were considered. Based on DIC values, TRM had the highest plausibility. Under TRM, structural coefficients between BW-ADG1, ADG1-WW, WW-ADG2 and ADG2-6MW were estimated to be 9.343, 0.03, 10.632 and 0.14, respectively. Direct heritability estimates for mentioned traits were 0.32-0.29, 0.2-0.22, 0.17-0.18, 0.11-0.11 and 0.16-0.16, respectively. The estimated values for genetic trends under SMM and TRM were 6-23, 0.7-3, 69-129, 0.4-1.2 and 110-187 grams per year for BW, ADG1, WW, ADG2 and 6MW, respectively. The results of genetic analyses of growth traits indicated the necessity of considering causal relationships between the studied traits for developing efficient breeding program in Lori Bakhtiari sheep
    Keywords: Genetic trend, Growth traits, Lori, Bakhtiari sheep, Structural equation models
  • یحیی محمدی *، مرتضی ستایی مختاری، محمد رزم کبیر، رستم عبدالهی آرپناهی
    روش تک مرحله ای (SS-GBLUP) انتخاب ژنومی در مقایسه با روش چند مرحله ای، با توجه به ادغام ماتریس خویشاوندی روابط ژنومی آللی و ماتریس خویشاوندی شجره ای و استفاده هم زمان تمام حیوانات ژنوتیپ شده و نشده در مدل های ژنومی اخیرا کاربرد وسیعی در برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی ایفا کرده است. هدف از مطالعه اخیر مقایسه تفاوت صحت ارزیابی ژنومی برای روش های BLUP سنتی، G-BLUP، SNP-BLUP و SS-GBLUP برای صفت وزن لاشه در گاو گوشتی بود. نتایج این مطالعه نشان داد که متوسط صحت پیش بینی ژنومی روش های فوق به ترتیب برابر با 11/0±77/0، 21/0±88/0، 23/0±87/0 و 25/0± 95/0 برآورد شد. صحت پیش بینی ژنومی در روش SS-GBLUP نسبت به روش های BLUP سنتی، G-BLUP و SNP-BLUP به ترتیب 18/0، 07/0 و 08/0 بیش تر برآورد شد. میانگین مربعات خطای پیش بینی برای روش های فوق به ترتیب 46/3، 21/2، 22/2 و 76/1 به دست آمد. روش SS-GBLUP با توجه به پایین بودن میانگین مربعات خطا و بالا بودن صحت پیش بینی ژنومی روش مطلوب تری بود. ضرایب رگرسیون پیش بینی ژنومی برای روش های SNP-BLUP، G- BLUP و SS-GBLUP به ترتیب 81/0، 82/0 و 90/0 به دست آمد و بنابراین اریب برآوردها در SS-GBLUP نسبت به دو روش دیگر کمتر است.
    کلید واژگان: انتخاب ژنومی، روش تک مرحله ای، صحت پیش بینی، گاو گوشتی، وزن لاشه
    Y. Mohammadi *, M. Sattaei Mokhtari, M. Razmkabir, R. Abdollahi-Arpanahi
    Single step genomic selection method (SS-GBLUP) with combining genomic relationship matrix and pedigree relationship matrix and simultaneous use of all genotyped and ungenotyped animals has been used widely in estimating genomic breeding values (GEBV) in recent years. The purpose of the present study was to compare genomic selection accuracy of traditional BLUP, SNP-BLUP, G-BLUP and SS-GBLUP for carcass weight in beef cattle. Results showed that genomic prediction accuracy for the above methods were 0.77±0.11, 0.88±0.21, 0.87±0.23 and 0.95±0.25 respectively. Genomic prediction accuracy of SS_BLUP was 0.08, 0.07 and 0.18 higher than SNP- BLUP, G_BLUP and traditional BLUP. Mean squared error of above methods was 3.46, 2.21, 2.22 and 1.76 respectively. In general, the performance of single step method was better than other studied genomic evaluation methods. Moreover, the regression coefficient of corrected phenotype on GEBV was 0.81, 0.82 and 0.90 for SNP- BLUP, G-BLUP and single step method, respectively. Thus, the bias of GEBV for single step method was less than G-BLUP and SNP-BLUP.
  • حیدر قیاسی، رستم عبدالهی آرپناهی *، رضا طاهرخانی
    به منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفت فاصله زایش تا اولین تلقیح با استفاده از سه مدل تکرارپذیر، چند صفتی و تابعیت تصادفی از تعداد 159482 رکورد فاصله زایش تا اولین تلقیح که طی سال های 1360 تا 1392 از 33 گله گاو هلشتاین ایران توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع آوری شده بود، استفاده شد. مدل چندصفتی نسبت به مدل تکرارپذیر و تابعیت تصادفی دارای معیار اطلاعات بیزین کمتر و فاکتور بیز آن نسبت به دو مدل دیگر تفاوت معنی داری داشت (05/0 P <). وراثت پذیری برآورد شده برای فاصله زایش تا اولین تلقیح در مدل تابعیت تصادفی از نوبت زایش اول تا ششم روندی نزولی داشت، به طوری که مقدار وراثت پذیری در نوبت زایش اول بیشترین مقدار(01/±09/0) و در نوبت زایش ششم کمترین مقدار (01/0±03/0) بود. وراثت پذیری برآورد شده برای این صفت در آنالیز چند صفتی اگر چه از نوبت زایش اول (08/0) تا نوبت زایش پنجم (04/0) روند نزولی داشت ولی بیشترین مقدار وراثت پذیری (10/0) در نوبت زایش ششم برآورد گردید. وراثت پذیری برآورد شده برای این صفت در مدل تکرارپذیری نیز 05/0 بود. همبستگی های ژنتیکی بین نوبت های زایش نزدیک به هم بیشتر بود و با زیادشدن فاصله بین نوبت های زایش همبستگی های ژنتیکی کاهش یافت. به طورکلی، مدل چند صفتی نسبت به سایر مدل ها در برآورد اجزای واریانس برای صفت فاصله زایش تا اولین تلقیح برتری دارد.
    کلید واژگان: ارزیابی ژنتیکی، باروری، پارامتر ژنتیکی، گاو هلشتاین
    Rostam Abdolahiarpanahi *
    In order to estimate the genetic parameters for days from calving to first service (DFS) in Iranian Holstein cattle by using repeatability, multiple-trait (MT) and random regression (RR) models, 159,482 records of parities 1 to 6 collected during 1981 to 2013 and distributed over 33 large Holstein herds were used. Bayesian information criterion of MT model was lower than other models and Bayesian factor of MT model was significant compared to other models (P
    Keywords: Fertility, Genetic evaluation, Genetic parameters, Holstein cattle
  • منوچهر مرادی، رستم عبدالهی آرپناهی *، بهزاد همتی، ابوالقاسم لواف
    هدف از این مطالعه مقایسه سه روش پارامتری (GBLUP، BayesB، RKHS) و دو روش بازنمونه گیری (Bagging GBLUP و Random Forest) در پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با ساختار ژنتیکی متفاوت بود. یک ژنوم با سه کروموزوم، هر کروموزوم به طول یک مورگان شبیه سازی شد و روی آن 1500 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) در سه سناریو 50، 100 و 200QTL به طور یکنواخت پخش شدند. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرمال استاندارد، گاما و یکنواخت با وراثت پذیری 30 درصد مدل سازی شدند. توانایی پیش بینی روش های آماری با استفاده از آماره های همبستگی بین ارزش های اصلاحی پیش بینی شده و واقعی و همچنین رگرسیون ارزش اصلاحی واقعی بر پیش بینی شده بررسی شد. نتایج نشان داد در جمعیت های تایید، روش RF باعث بیش-برآورد رگرسیون ارزش های اصلاحی واقعی بر پیش بینی شده شد، در حالی که روش های GBLUP، BayesB و RKHS منجر به کم-برآورد ضریب رگرسیون شدند. به جز روش Bagging GBLUP در دیگر روش ها تفاوت معنی داری با تغییر توزیع اثرات QTL مشاهده نشد اما در مجموع عملکرد دو روش GBLUP و BayesB نسبت به دیگر روش ها بهتر بود. یکی از دلایل احتمالی برتری GBLUP و BayesB بر دیگر روش ها می تواند شبیه سازی صفات با اثرات صرفا ژنتیکی افزایشی بوده باشد. به طور کلی، روش های GBLUP و BayesB بر روش های بازنمونه گیری در پیش بینی های ژنومی ارجحیت دارند.
    کلید واژگان: ارزیابی ژنومی، جنگل تصادفی، فضای تولید هسته هیلبرت، کیسه بندی شده، معماری ژنتیکی، یادگیری ماشین
    Rostam Abdolahi Arpanahi *
    The objective of this study was to compare three parametric (GBLUP, BayesB and RKHS) and two resampling (Bagging GBLUP and Random Forest) statistical methods in genomic prediction of traits with different genetic architecture. A genome consisting of three chromosomes, 1 Morgan each, was simulated on which 5000 SNPs and 50, 100 and 200 QTLs were distributed. The substitutions effects of QTLs were modeled with normal, gamma and uniform distributions with a level of heritability equal to 0.30. The predictive performance of statistical models was evaluated using the correlation between predicted and true breeding values as well as the regression of predicted values on true breeding values. In the target population, Random Forest resulted in overestimation of estimated regression coefficients while GBLUP, BayesB and RKHS led to an underestimation of regression coefficients of true breeding values on predicted breeding values. In exception of Bagging GBLUP, the performance of all statistical methods was the same in three gene effect distributions. However, the performance of GBLUP and BayesB was better than other statistical methods. A reason for this superiority could be the additive architecture of simulated traits. In conclusion, GBLUP and BayesB were superior over resampling methods in genomic predictions.
    Keywords: Bagging, Genetic Architecture, Genomic Evaluation, Machine Learning, Random Forest, RKHS
  • رستم عبدالهی آرپناهی، محمد مرادی شهربابک، محمدباقر زندی، محمد رزم کبیر
    این پژوهش به منظور بررسی اثر انتخاب بر کاهش اندازه دنبه در بره های لری بختیاری به مدت پنج سال در محل ایستگاه توسعه، پرورش و اصلاح نژاد گوسفند لری بختیاری انجام گرفت. برآورد وزن دنبه براساس معادله تابعیت وزن دنبه از اندازه ابعاد ظاهری دنبه در سن شش ماهگی بدست آمد. عمق بافت نرم در نقطه 12 سانتی متری از خط وسط پشتی بدن روی دنده دوازدهم در سن شش ماهگی با استفاده از دستگاه اسکنر حیوانی مدل 480، تعیین شد. مولفه های (کو)واریانس و پارامترهای ژنتیکی برای صفات مورد بررسی با استفاده از روش حداکثر درستنمائی محدود شده، تحت مدل حیوانی و به صورت تجزیه چندصفتی برآورد گردید. انتخاب براساس شاخص انتخاب اقتصادی که از ضرب ارزش های اصلاحی صفات در بردار ضرایب اقتصادی صفات است، انجام گرفت. از ضرایب 1 و 4- برای ارزش اقتصادی صفات وزن بدن و برآورد وزن دنبه استفاده شد. روند فنوتیپی و ژنتیکی صفات نیز بوسیله تابعیت میانگین فنوتیپی و ارزش های اصلاحی صفات بر سال تولد حیوان برآورد گردید. نتایج نشان داد میانگین برآورد وزن دنبه در سن شش ماهگی در بره های لری بختیاری 37‎/2 کیلوگرم بود. ضریب وراثت پذیری و خطای معیار وزن دنبه برآوردی در سن شش ماهگی 05‎/0±33‎/0 بود. روند ژنتیکی صفت وزن بدن در شش ماهگی 160 گرم بود. روند ژنتیکی وزن دنبه با توجه به معادله برازش شده 40- گرم و با ضریب تعیین بالا (94‎/0) بود. عمق بافت نرم حاصل از اولتراسوند در شش ماهگی نیز روند ژنتیکی منفی (024‎/0- میلی متر) داشت. روند تغییرات فنوتیپی وزن بدن و عمق بافت نرم حاصل از اولتراسوند مثبت و بیشتر از تغییرات ژنتیکی بود. ولی روند فنوتیپی کاهشی وزن دنبه در مقایسه با روند ژنتیکی آن کمتر بود.
    کلید واژگان: پارامترهای ژنتیکی، آمار بیزی، نرم افزارهای اصلاح نژاد، حداکثر درست نمایی محدود شده
    Rostam Abdollahi, Mohammad Moradi Shahre Babak, Mohammad Bagher Zandi, Mohammad Razm Kabir
    The objective followed in this study was to compare six software packages (DFREML, WOMBAT, ASReml, MATVEC, DMU and Thrgibbsf90) as based on some such features as being user friendly, easing computational facilities as well as accuracy and precision of the estimated genetic vs. environmental parameters. For conduction of the study, simulated and field data (Birth weights and weaning weight of Baluchi lambs) were utilized. In all the softwares, except for Thrgibbsf 90, estimates were obtained with restricted Maximum likelihood method via AI algorithm, but in Thrgibbsf 90, the estimates were obtained using Bayesian Gibbs Sampling. The results showed that the choice of software depends on user interest and the goal followed in the research. Since the estimated parameters come out to be similar, even in confidence intervals, there seems no concern to exist in estimation of genetic and environmental parameters (for continous variables) using linear models,and through an application of different softwares.
    Keywords: REML, Genetic Parameter, Animal Breeding Softwares, Bayesian Statistics
بدانید!
  • در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو می‌شود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشته‌های مختلف باشد.
  • همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته می‌توانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
  • در صورتی که می‌خواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.
درخواست پشتیبانی - گزارش اشکال